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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

ATCCGCCGCCCCTGCTCCAGTAGGAACGTTCCCCACCCCGGCAACCCCCCACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAGgtctgggttgctcccatcccattgccctagatgggtcgccgcccaccctcactcgtgattcgtggccgtggcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM5G879737_T03
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211228160|gb|FK958933.1|FK958933
EST:     ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAG                         GTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
genomic: ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAGgtctgggttg ... gccgtggcagGTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
EST: gi|149104626|gb|EE290075.2|EE290075
EST:     ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAG                         GTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
genomic: ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAGgtctgggttg ... gccgtggcagGTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
EST: gi|91869578|gb|EB400446.1|EB400446
EST:     ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAG                         GTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
genomic: ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAGgtctgggttg ... gccgtggcagGTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
EST: gi|50328435|gb|CO523561.1|CO523561
EST:     ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAG                         GTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
genomic: ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAGgtctgggttg ... gccgtggcagGTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
EST: gi|211228159|gb|FK958932.1|FK958932
EST:     ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAG                         GTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
genomic: ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAGgtctgggttg ... gccgtggcagGTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
EST: gi|71774704|gb|DR972582.1|DR972582
EST:     ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAG                         GTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
genomic: ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAGgtctgggttg ... gccgtggcagGTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
EST: gi|148961114|gb|EE011820.2|EE011820
EST:     ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAG                         GTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
genomic: ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAGgtctgggttg ... gccgtggcagGTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
EST: gi|78108982|gb|DV527399.1|DV527399
EST:     ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAG                         GTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
genomic: ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAGgtctgggttg ... gccgtggcagGTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
EST: gi|148973633|gb|EE024744.2|EE024744
EST:     ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAG                         GTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
genomic: ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAGgtctgggttg ... gccgtggcagGTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
EST: gi|50332809|gb|CO527935.1|CO527935
EST:     ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAG                         GTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
genomic: ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAGgtctgggttg ... gccgtggcagGTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
EST: gi|148955107|gb|EC900621.2|EC900621
EST:     ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAG                         GTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG
genomic: ACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAGgtctgggttg ... gccgtggcagGTTGCGCCGCCCGCCCGTGGTGCCGGCGCTGTGCTGGAGGCGGTGGAGCTG

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
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ATCCGCCGCCCCTGCTCCAGTAGGAACGTTCCCCACCCCGGCAACCCCCCACGCTAGCTACTCCGGAGCACCGGAACGCACCGTCGCCCCCGTCAAGCAGgtctgggttgctcccatcccattgccctagatgggtcgccgcccaccctcactcgtgattcgtggccgtggcag

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