1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...agtgcttttattgatgacatgtgcttgaaaatgtaactattttggactgctattattttgataaactatgctatatgcacttatcatatttggacactagGTGGTGTAGTTTGTGGTTTGGTGCCAATGTTCCATGGATGCT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G858300_T01 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
actgctattattttgataaactatgctatatgcacttatcatatttggacactagGTGGTGTAGTTTGTGGTTTGGTGCCAATGTTCCATGGATGCT
ttttgat putative branch site (score: 4)
tattattttgataaac TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| agtgcttttattgatgacatgtgcttgaaaatgtaactattttggactgctattattttgataaactatgctatatgcacttatcatatttggacactagGTGGTGTAGTTTGTGGTTTGGTGCCAATGTTCCATGGATGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CATGGA
-gtgcttt
- - - - -attgatg
- - - - - - - - - - -tgcttga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gactgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -ctatgct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tatgcac