1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...ttggaaacctcgaattctgccattcagctctctgtcagaaaattttgttatttgctattttcgctgcagaaaaaatctgattaaagtatattacttacagAGGTATGTTGAAATGGACTGCTGCTAGAGACGCCCTGGTGTTCTTTGGACTTGCTGCTTGGCTCATCTTTGGCATGTTTTGGGTATACAATTTAGAAGGA
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G821968_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATTATGTCTTTTGAAGATGTCTATCAGTCAGACAGTTTG AGGTATGTTGAAATGGACTGCTGCTAGAGACGCCCTGGTGTTCTTTGGACTEST: gi|211078517|gb|FL462576.1|FL462576
genomic: ATTATGTCTTTTGAAGATGTCTATCAGTCAGACAGTTTGgtaagccaaa ... ttacttacagAGGTATGTTGAAATGGACTGCTGCTAGAGACGCCCTGGTGTTCTTTGGACT
EST: GTGCCCTGGTGATTATGTCTTTTGAAGATGTCTATCAGTCAGACAGTTTG AGGTATGTTGAAATGGACTGCTGCTAGAGACGCCCTGGTGTTCTTTGGACTEST: gi|211138926|gb|FL097555.1|FL097555
genomic: GTGCCCTGGTGATTATGTCTTTTGAAGATGTCTATCAGTCAGACAGTTTGgtaagccaaa ... ttacttacagAGGTATGTTGAAATGGACTGCTGCTAGAGACGCCCTGGTGTTCTTTGGACT
EST: GTGCCCTGGTGATTATGTCTTTTGAAGATGTCTATCAGTCAGACAGTTTG AGGTATGTTGAAATGGACTGCTGCTAGEST: gi|149088975|gb|EE178120.2|EE178120
genomic: GTGCCCTGGTGATTATGTCTTTTGAAGATGTCTATCAGTCAGACAGTTTGgtaagccaaa ... ttacttacagAGGTATGTTGAAATGGACTGCTGCTAG
EST: GTGCCCTGGGGATTATGTCTTTTGAAGATGTCTATCAGTCAGCCAGTTTG AGGTATGTTGAAATGGACTGCTGCTAGAGACGCCCTGGTGTTCTTTGGACTEST: gi|149111062|gb|EE294559.2|EE294559
genomic: GTGCCCTGGTGATTATGTCTTTTGAAGATGTCTATCAGTCAGACAGTTTGgtaagccaaa ... ttacttacagAGGTATGTTGAAATGGACTGCTGCTAGAGACGCCCTGGTGTTCTTTGGACT
EST: GTGCCCTGGTGATTATGTCTTTTGAAGATGTCTATCAGTCAGACAGTTTG AGGTATGTTGAAATGGACTGCTGCTAGAGACGCCCTGGTGTTCTTTGGACT
genomic: GTGCCCTGGTGATTATGTCTTTTGAAGATGTCTATCAGTCAGACAGTTTGgtaagccaaa ... ttacttacagAGGTATGTTGAAATGGACTGCTGCTAGAGACGCCCTGGTGTTCTTTGGACT
tgttatttgctattttcgctgcagaaaaaatctgattaaagtatattacttacagAGGTATGTTGAAATGGACTGCTGCTAGAGACGCCCTGGTGTTCTTTGGACTTGCTGCTTGGCTCATCTTTGGCATGTTTTGGGTATACAATTTAGAAGGA
atctgat putative branch site (score: 4)
aaaaaatctgattaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttggaaacctcgaattctgccattcagctctctgtcagaaaattttgttatttgctattttcgctgcagaaaaaatctgattaaagtatattacttacagAGGTATGTTGAAATGGACTGCTGCTAGAGACGCCCTGGTGTTCTTTGGACTTGCTGCTTGGCTCATCTTTGGCATGTTTTGGGTATACAATTTAGAAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - ttctgcc
- - - - - - - - - - - ttcagct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttttgtt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gctgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaat