1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...ctttattacaataaatcaccatggttctgaaatcaacagaacaaaataagccataagctcataagtcataacaatacatcatgctcaccttactttgcagGACAAAAGGTCCATGATGCTTTCCAACTTAAGCGAGCCTCCTACACTGATCTTCCTCCTGCCAAAGTTTCAGAGATGATGCATCCAAGAAGTATAGAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM5G807582_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
ataagccataagctcataagtcataacaatacatcatgctcaccttactttgcagGACAAAAGGTCCATGATGCTTTCCAACTTAAGCGAGCCTCCTACACTGATCTTCCTCCTGCCAAAGTTTCAGAGATGATGCATCCAAGAAGTATAGAT
ccttacttt CT-rich tract
ataacaata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ctttattacaataaatcaccatggttctgaaatcaacagaacaaaataagccataagctcataagtcataacaatacatcatgctcaccttactttgcagGACAAAAGGTCCATGATGCTTTCCAACTTAAGCGAGCCTCCTACACTGATCTTCCTCCTGCCAAAGTTTCAGAGATGATGCATCCAAGAAGTATAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - caataaa
- - - - - - - - - - - ggttctg
- - - - - - - - - - - - - - - - -caacaga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - aaaataa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aacaata