1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...atgtagttattctccatttgggtatttaaataaaagctgcagatatttgcattgtggattttgaatgtaagagtttagatatgccctttttcggtattagGAGCTCATACTTTTTATCCCAAAAGAGATGATTCTGATGCCAAGAATTTAAGGTATAAAAAAGATGAATCAGCCATGCTGCCCACAATATGTCCTATAAC
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G448054_T02 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
tttgcattgtggattttgaatgtaagagtttagatatgccctttttcggtattagGAGCTCATACTTTTTATCCCAAAAGAGATGATTCTGATGCCAAGAATTTAAGGTATAAAAAAGATGAATCAGCCATGCTGCCCACAATATGTCCTATAAC
tgccctttttc CT-rich tract
attttgaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| atgtagttattctccatttgggtatttaaataaaagctgcagatatttgcattgtggattttgaatgtaagagtttagatatgccctttttcggtattagGAGCTCATACTTTTTATCCCAAAAGAGATGATTCTGATGCCAAGAATTTAAGGTATAAAAAAGATGAATCAGCCATGCTGCCCACAATATGTCCTATAAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - -ccatttg
- - - - - - - - - - - - - -aaataaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - -gctgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgcatt
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ttgaatg