Mapped EST sequences
Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments
ATGC EST sequence
ATGC genomic sequence (exon)
ATGC genomic sequence (truncated intron)
EST:
gi|60401470|gb|DN234277.1|DN234277EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|60397800|gb|DN230616.1|DN230616EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|20803294|gb|BQ294344.1|BQ294344EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|211252272|gb|FL413637.1|FL413637EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|32831787|gb|CD971465.1|CD971465EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTATTCAAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|33093478|gb|CF053472.1|CF053472EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCGAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|67010366|gb|CO439115.1|CO439115EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|60340925|gb|DN207898.1|DN207898EST: GAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: GAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|6636947|gb|AW261219.1|AW261219EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCCGTTATGATGA
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCC-GTTATGATGA
EST:
gi|20301118|gb|BQ164061.1|BQ164061EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACACCAAGGCC
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCC
EST:
gi|14883551|gb|BI273411.1|BI273411EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|32943242|gb|CF048061.1|CF048061EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTATTCAAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|33093817|gb|CF053811.1|CF053811EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTAC
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTAC
EST:
gi|32944342|gb|CF049161.1|CF049161EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGCTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|32848400|gb|CD988081.1|CD988081EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTATTCAAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|33094229|gb|CF054223.1|CF054223EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|47962707|gb|CN845416.1|CN845416EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCCACACCCAAGTACTCCAAGGNCCGTTATGATGAGATTGT
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACC-ACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGT
EST:
gi|60345295|gb|DN212268.1|DN212268EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|84980355|gb|DW530704.1|DW530704EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|60358543|gb|DN225516.1|DN225516EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|20811162|gb|BQ295640.1|BQ295640EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|7135230|gb|AW497966.1|AW497966EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGTATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|18963271|gb|BM660340.1|BM660340EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCA-GGCCC
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCC
EST:
gi|32945339|gb|CF050158.1|CF050158EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|18655311|gb|BM500116.1|BM500116EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|61117491|gb|DN558452.1|DN558452EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|18655310|gb|BM500115.1|BM500115EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGT
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGT
EST:
gi|31354823|gb|CD439180.1|CD439180EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|32828305|gb|CD967983.1|CD967983EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTATTCAAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|31351378|gb|CD435735.1|CD435735EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|28931226|gb|CB334587.1|CB334587EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
EST:
gi|33093615|gb|CF053609.1|CF053609EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGT
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGT
EST:
gi|32844537|gb|CD984218.1|CD984218EST: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG ATGGATGCCACCACACCCAAGT
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGT
RNA-Seq data
ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site
atgs Truncated intron sequence
Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.
Found data for 4 RNA-Seq libraries.
Block sizes:
49 (upstream exon),
49 (downstream exon)
Score:
19TGGTTTTGAGGCTGGTATCTCCAAGGATGGACAGACCCGCGAGCATGCTCTCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTGAAGGAAGTCTCTTCCTACCTGAAGAAGGTTGGATACAACCCTGACAAGA
Block sizes:
49 (upstream exon),
49 (downstream exon)
Score:
17TGGTTTTGAGGCTGGTATCTCCAAGGATGGACAGACCCGCGAGCATGCTCTCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTGAAGGAAGTCTCTTCCTACCTGAAGAAGGTTGGATACAACCCTGACAAGA
Block sizes:
49 (upstream exon),
49 (downstream exon)
Score:
16TGGTTTTGAGGCTGGTATCTCCAAGGATGGACAGACCCGCGAGCATGCTCTCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTGAAGGAAGTCTCTTCCTACCTGAAGAAGGTTGGATACAACCCTGACAAGA
Block sizes:
49 (upstream exon),
43 (downstream exon)
Score:
13TGGTTTTGAGGCTGGTATCTCCAAGGATGGACAGACCCGCGAGCATGCTCTCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTGAAGGAAGTCTCTTCCTACCTGAAGAAGGTTGGATACAACCCTGACAAGA