ERISdb: a Database of Plant Splice Sites

General
Orthologs
EST
RNA-Seq
PPT, BS, UA-tract
cis-regulatory elements

Sequence

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

...ttggttattatggtattgcatttttactgtttgcatgctgttgtttaggtcactaatctcattcaactaatggtactgtttgggttttgctgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTGAAGGAAGTCTCTTCCTACCTGAAGAAGGTTGGATACAACCCTGACAAGA

Basic information

species	Zea mays
transcript	GRMZM2G343543_T03
intron #	2
splice site	3'
intron type	U2

Orthologous splice sites

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

upper sequence: GRMZM2G343543_T05 (Zea mays), 3'ss of exon 2
lower sequence: GLYMA16G07350.1 (Glycine max), 3'ss of exon 2

ttggttattatggtattg--catttttactgt-ttgcatgctgttgtttaggtcactaatctcattcaactaatggtactgtttgggttttgctgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTGAAGGAAGTCTCTTCCTACCTGAAGAAGGTTGGATACAACCCTGACAAGA
    | ||  |||| ||   |||   |||  |  || ||| |   | |||  |   || |  |  |   |||||| |     ||| |   |  |  || ||||||||||||||| || || |||||||| |||||| | ||||| || |||||||||||||| ||||||||| |||||||||| || |||||||| |||||||
-gtataatcctggtcttagtcataaataccttgctgtatgttaa-gattatttatttagtagctgttttctaatgatgtaagttgtgaaatttttgttgacagATGGATGCCACTACCCCAAAGTACTCTAAGGCCAGGTATGAAGAAATTGTGAAGGAAGTTTCTTCCTACTTGAAGAAGGTAGGTTACAACCCAGACAAGA

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments

ATGC    EST sequence
ATGC    genomic sequence (exon)
ATGC    genomic sequence (truncated intron)

EST: gi|60401470|gb|DN234277.1|DN234277

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|60397800|gb|DN230616.1|DN230616

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|20803294|gb|BQ294344.1|BQ294344

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|211252272|gb|FL413637.1|FL413637

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|32831787|gb|CD971465.1|CD971465

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTATTCAAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|33093478|gb|CF053472.1|CF053472

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCGAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|67010366|gb|CO439115.1|CO439115

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|60340925|gb|DN207898.1|DN207898

EST:     GAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: GAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|6636947|gb|AW261219.1|AW261219

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCCGTTATGATGA
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCC-GTTATGATGA

EST: gi|20301118|gb|BQ164061.1|BQ164061

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACACCAAGGCC
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCC

EST: gi|14883551|gb|BI273411.1|BI273411

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|32943242|gb|CF048061.1|CF048061

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTATTCAAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|33093817|gb|CF053811.1|CF053811

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTAC
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTAC

EST: gi|32944342|gb|CF049161.1|CF049161

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGCTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|32848400|gb|CD988081.1|CD988081

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTATTCAAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|33094229|gb|CF054223.1|CF054223

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|47962707|gb|CN845416.1|CN845416

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCCACACCCAAGTACTCCAAGGNCCGTTATGATGAGATTGT
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACC-ACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGT

EST: gi|60345295|gb|DN212268.1|DN212268

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|84980355|gb|DW530704.1|DW530704

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|60358543|gb|DN225516.1|DN225516

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|20811162|gb|BQ295640.1|BQ295640

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|7135230|gb|AW497966.1|AW497966

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGTATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|18963271|gb|BM660340.1|BM660340

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCA-GGCCC
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCC

EST: gi|32945339|gb|CF050158.1|CF050158

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|18655311|gb|BM500116.1|BM500116

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|61117491|gb|DN558452.1|DN558452

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|18655310|gb|BM500115.1|BM500115

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGT
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGT

EST: gi|31354823|gb|CD439180.1|CD439180

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|32828305|gb|CD967983.1|CD967983

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTATTCAAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|31351378|gb|CD435735.1|CD435735

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|28931226|gb|CB334587.1|CB334587

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTG

EST: gi|33093615|gb|CF053609.1|CF053609

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGT
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGT

EST: gi|32844537|gb|CD984218.1|CD984218

EST:     TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAG                         ATGGATGCCACCACACCCAAGT
genomic: TCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGT

RNA-Seq data

ATGC Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

atgs Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.

Found data for 4 RNA-Seq libraries.

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 19

TGGTTTTGAGGCTGGTATCTCCAAGGATGGACAGACCCGCGAGCATGCTCTCCTTGCTTTCACGCTTGGAGTGAAGCAGATGATTTGCTGTTGCAACAAGgtatggttcc ... tgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTGAAGGAAGTCTCTTCCTACCTGAAGAAGGTTGGATACAACCCTGACAAGA

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 17

Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 16

Block sizes: 49 (upstream exon), 43 (downstream exon)
Score: 13

atgc intronic sequence ATGC exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

taggtcactaatctcattcaactaatggtactgtttgggttttgctgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTGAAGGAAGTCTCTTCCTACCTGAAGAAGGTTGGATACAACCCTGACAAGA

                   aactaat  putative branch site (score: 13)
                                       ttttgct  putative PPT
                   aactaat  TA-rich tract

Putative cis-regulatory sequences

atgc	intron	ATGC	exonic elements by Pertea et al.
ATGC	exon	atgc	putative intronic elements
		ATGC	putative exonic elements identified for retained introns

        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttggttattatggtattgcatttttactgtttgcatgctgttgtttaggtcactaatctcattcaactaatggtactgtttgggttttgctgtttaacagATGGATGCCACCACACCCAAGTACTCCAAGGCCCGTTATGATGAGATTGTGAAGGAAGTCTCTTCCTACCTGAAGAAGGTTGGATACAACCCTGACAAGA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AAGGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG