1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
...tcaatatcctgaagtcatgctagatgttccacttgctgtctgaaggctgttttactgggatctagttgcaactaatattttgtgaccgcttgattttcagGTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATAACCCCGCTGAAGAGAGAGGCAAGTATAAGTACAATGTTGATAAAGAAAT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G180732_T03 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAG GTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTEST: gi|211192374|gb|FL184214.1|FL184214
genomic: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAGgtataaaatt ... tgattttcagGTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCT
EST: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAG GTGACATCCTTGATGCCGGTGTGAATCGEST: gi|211298319|gb|FL250320.1|FL250320
genomic: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAGgtataaaatt ... tgattttcagGTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCG
EST: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAG GTGACATCCTTGATGCCGGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATACCTAAATAEST: gi|74240745|gb|DT648659.1|DT648659
genomic: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAGgtataaaatt ... tgattttcagGTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATA
EST: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAG GTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATAEST: gi|211189959|gb|FL184194.1|FL184194
genomic: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAGgtataaaatt ... tgattttcagGTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATA
EST: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAG GTGACATCCTTGATGCCGGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATACCTAAATAEST: gi|211189960|gb|FL184195.1|FL184195
genomic: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAGgtataaaatt ... tgattttcagGTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATA
EST: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAG GTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATAEST: gi|211298318|gb|FL250319.1|FL250319
genomic: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAGgtataaaatt ... tgattttcagGTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATA
EST: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAG GTGACATCCTTGATGCCGGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATACCTAAATAEST: gi|211192371|gb|FL184211.1|FL184211
genomic: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAGgtataaaatt ... tgattttcagGTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATA
EST: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAG GTGACATCCTTGATGCCGGTGTGAATCGCANCCCAAGTGCATACCTAAATAEST: gi|71426638|gb|DR807688.1|DR807688
genomic: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAGgtataaaatt ... tgattttcagGTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATA
EST: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAG GTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATAEST: gi|211192367|gb|FL184207.1|FL184207
genomic: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAGgtataaaatt ... tgattttcagGTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATA
EST: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAG GTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATAEST: gi|71323344|gb|DR798328.1|DR798328
genomic: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAGgtataaaatt ... tgattttcagGTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATA
EST: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAG GTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATAEST: gi|211189962|gb|FL184197.1|FL184197
genomic: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAGgtataaaatt ... tgattttcagGTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATA
EST: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAG GTGACATCCTTGATGCCGGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATACCTAAATAEST: gi|211189967|gb|FL184202.1|FL184202
genomic: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAGgtataaaatt ... tgattttcagGTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATA
EST: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAG GTGACATCCTTGATGCCGGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATACCTAAATAEST: gi|211189964|gb|FL184199.1|FL184199
genomic: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAGgtataaaatt ... tgattttcagGTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATA
EST: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAG GTGACATCCTTGATGCCGGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATACCTAAATAEST: gi|31363574|gb|CD447931.1|CD447931
genomic: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAGgtataaaatt ... tgattttcagGTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATA
EST: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAG GTGACCTCCTTGATGCCGGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATA
genomic: TGTTGAAGCTCACAACAATCTCCACCCTGGGAAAATCTATGTGAACAAAGgtataaaatt ... tgattttcagGTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATA
gctgttttactgggatctagttgcaactaatattttgtgaccgcttgattttcagGTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATAACCCCGCTGAAGAGAGAGGCAAGTATAAGTACAATGTTGATAAAGAAAT
ttttc CT-rich tract
aactaatattttgt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tcaatatcctgaagtcatgctagatgttccacttgctgtctgaaggctgttttactgggatctagttgcaactaatattttgtgaccgcttgattttcagGTGACCTCCTTGATGCCAGTGTGAATCGCAGCCCAAGTGCATATCTAAATAACCCCGCTGAAGAGAGAGGCAAGTATAAGTACAATGTTGATAAAGAAAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAAGAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAA
- - - - - - -gtcatgc
- - - - - - - - - - - - - - - - -tgctgtc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - caactaa