1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' |
gtaaatcctgaggttcagagcttcagatatctgagagtagctgtgttagctcgtctgtttgtaggaacagtgccttagttaccttgcatggttgcacatttttgtggatctgatcatccctctttgttcatggttctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAGCTATATTTGGTCTTGGGACCGTAGGACTTTCT
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G149272_T04 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAG ---TC--TG--G-----AATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAGEST: gi|14203856|gb|BG837533.1|BG837533
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
EST: GACCGTSCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTGCAG GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAGEST: gi|148958260|gb|EC904476.2|EC904476
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
EST: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAG GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAGEST: gi|148963165|gb|EE014137.2|EE014137
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
EST: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAG GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAGEST: gi|149083974|gb|EE173360.2|EE173360
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
EST: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAG GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAGEST: gi|5296121|gb|AI782996.1|AI782996
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
EST: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTGCAG GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAGEST: gi|76921975|gb|DV168787.1|DV168787
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
EST: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAG GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAGEST: gi|50322631|gb|CO517757.1|CO517757
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
EST: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAG GACTCGGTGCAEST: gi|6194720|gb|AW146824.1|AW146824
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCA
EST: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTGCAG GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAGEST: gi|5895803|gb|AW037049.1|AW037049
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
EST: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTGCAG GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAGEST: gi|5895869|gb|AW037115.1|AW037115
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
EST: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTGCAG GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAGEST: gi|29946549|gb|CB816205.1|CB816205
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
EST: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAG GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAGEST: gi|148957215|gb|EC903225.2|EC903225
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
EST: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAG GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAGEST: gi|78087855|gb|DV516248.1|DV516248
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
EST: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAG GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAGEST: gi|101382109|gb|EB813110.1|EB813110
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
EST: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAG GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAGEST: gi|91873431|gb|EB403388.1|EB403388
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
EST: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAG GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAGEST: gi|6020665|gb|AW065698.1|AW065698
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
EST: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTTTCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTGCAG GACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
genomic: GACCGTGCCAATGGACAGGGTGTGCCTGCTGAGCTGCGGTGTGTCTTCAGgtaaatcctg ... ctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAG
gttgcacatttttgtggatctgatcatccctctttgttcatggttctatcgttagGACTCGGTGCAGTCTGGAATGTAGCTAATGTATCAAAGGGCTCAAGTGTAGCTATATTTGGTCTTGGGACCGTAGGACTTTCT
atctgat putative branch site (score: 287)
ttctatc putative PPT
acattttt TA-rich tract