1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...tgattaagtggatttcaatccttgttgtgccctcttttttccctgaattgaattgtaaatcctaactgtagtcatttttgaactcataatttttctacagATCCACAAAGCAGGTGTGCTGAAGCAACAATACCTAATGAAGCTACAGCTCAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G110924_T02 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
aattgaattgtaaatcctaactgtagtcatttttgaactcataatttttctacagATCCACAAAGCAGGTGTGCTGAAGCAACAATACCTAATGAAGCTACAGCTCAAG
tcctaac putative branch site (score: 1)
tttttctac putative PPT
atttttgaactcataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| tgattaagtggatttcaatccttgttgtgccctcttttttccctgaattgaattgtaaatcctaactgtagtcatttttgaactcataatttttctacagATCCACAAAGCAGGTGTGCTGAAGCAACAATACCTAATGAAGCTACAGCTCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCAA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA
- - - - - - - - - - cttgttg
- - - - - - - - - - - - - -tgccctc
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ccctgaa
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgaattg