Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...atacaccacttcattttggatgaagtgatttctgaaaccaaacatcttctaagtcaccaatcaatcatgacaccaacctgttttttttgagttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G105192_T03
intron # 8
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|91876287|gb|EB406244.1|EB406244
EST:     AGCCCTGGGGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|18173199|gb|BM348587.1|BM348587
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|16926851|gb|BM079919.1|BM079919
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|71446062|gb|DR827112.1|DR827112
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|18162838|gb|BM332677.1|BM332677
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|110220376|gb|EC902274.1|EC902274
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGGGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|110522223|gb|EE026407.1|EE026407
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|29544356|gb|CB604736.1|CB604736
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|16922011|gb|BM075387.1|BM075387
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|113700925|gb|EE678429.1|EE678429
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|76288379|gb|DV027947.1|DV027947
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|18166790|gb|BM336629.1|BM336629
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|17929411|gb|BM266371.1|BM266371
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCATTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|17932564|gb|BM269524.1|BM269524
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|71426676|gb|DR807726.1|DR807726
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
EST: gi|67019146|gb|CO447895.1|CO447895
EST:     AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTG                         GACTTTTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
genomic: AGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 117

TTGCTTCCACCAAATCAACAGAAGTACTCAAACATAGTCATGCTTAGATCAGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG


Block sizes: 48 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 124

TTGCTTCCACCAAATCAACAGAAGTACTCAAACATAGTCATGCTTAGATCAGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG


Block sizes: 49 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 284

TTGCTTCCACCAAATCAACAGAAGTACTCAAACATAGTCATGCTTAGATCAGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG


Block sizes: 47 (upstream exon), 44 (downstream exon)
Score: 40

TTGCTTCCACCAAATCAACAGAAGTACTCAAACATAGTCATGCTTAGATCAGCCCTGGTGGTGTCAACCCTCCTCATTGCTCTATCTGTACCCTTTTTTGgtaagttcat ... gttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG




 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cttctaagtcaccaatcaatcatgacaccaacctgttttttttgagttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG
                                   ttttttttgagtttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
atacaccacttcattttggatgaagtgatttctgaaaccaaacatcttctaagtcaccaatcaatcatgacaccaacctgttttttttgagttttgacagGACTTGTGATGGCCTTAGTTGGTTCTTTACTTACGATGCTTGTG

- -caccact
- - - - - - - -ttggatg
- - - - - - - - - - - - - - tttctga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - -ccaaaca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gtcacca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - gacacca