Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CGACTCGGTGGAGGACGATGTTGTCATGAAGCTGTGGCGGCCTACCATGAAGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttcataactttttgattgctgccatcctatgaatgaaaatgggttattgatgaacacttttagcatatataactcgcacactgtgacttggtggaagacttgatgtgcagctgagactcagaagtttaaatatgcttgattggttgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G086845_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G086845_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g66940.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
CGACTCGGTGGAGGACGATGTTGTCATGAAGCTGTGGCGGCCTACCATGAAGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttcata-actttttgattgctgccatcctatgaatgaaaatgggttattgat-------gaacacttttagcatatataactcgcacactgtgacttggtggaagacttgatgtgcagctgagactcagaagtttaaatatgcttgattggttgcag-----------------------
 ||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||  ||      |   |  | ||| |  ||    ||     |   || | | |       |||| | || ||    |         | | |   | ||  ||  | ||| |      ||     || |||   ||| ||      || ||   | | |                       
TGACTCAGTAGAGGATGATGTTGTCATGAAGCTATGGCGCCCTACCATGAAGCTCCTCCTTGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATGCCAGGgtaagctgtattcggagtaataaagttgctaaactgctgattgctttttcttttcgttcaaagcagaacccattgagttcttggcttctataaatttgcatttactgttaaactcg---catagtcaccacccagtccttttaaggcttatgctttagtactgacctgaagttactatgattatag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|60397429|gb|DN230245.1|DN230245
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|14244983|gb|BG842921.2|BG842921
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|60395312|gb|DN228181.1|DN228181
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|15499187|gb|BI595700.1|BI595700
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|148958586|gb|EC904833.2|EC904833
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GGATTTTCATGGCGCTGT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagG-ATTTCCATGGCGCTGT
EST: gi|67040844|gb|CO467099.1|CO467099
EST:     GCTGCTCCTAGTGACTCTTGGGAGATCAGGGGTGCA-GTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTC
genomic: GCTGCTCCTAGTGACTCTTGG-AGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTC
EST: gi|116828933|gb|EC862399.1|EC862399
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGT                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|18180287|gb|BM381497.1|BM381497
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|18181260|gb|BM382470.1|BM382470
EST:     GGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: GGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|76020671|gb|DT947841.1|DT947841
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|67011466|gb|CO440215.1|CO440215
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGTGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|15589989|gb|BI674605.1|BI674605
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|4885857|gb|AI676977.1|AI676977
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|71767962|gb|DR965899.1|DR965899
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAA-GTACAACAAGTTGA
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGA
EST: gi|15554176|gb|BI644174.1|BI644174
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|71770185|gb|DR968122.1|DR968122
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|149101489|gb|EE187609.2|EE187609
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|37377005|gb|CF625071.1|CF625071
EST:     AGCTGCTCTTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|71770186|gb|DR968123.1|DR968123
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAA-GTACAACAAGTT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTT
EST: gi|50325898|gb|CO521024.1|CO521024
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|29543424|gb|CB603820.1|CB603820
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|4647599|gb|AI622674.1|AI622674
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACACCAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|15426772|gb|BI542594.1|BI542594
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTNGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|32863832|gb|CF003514.1|CF003514
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|60358713|gb|DN225686.1|DN225686
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|148963406|gb|EE014419.2|EE014419
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAGGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACCACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|60336960|gb|DN203933.1|DN203933
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|67039858|gb|CO466113.1|CO466113
EST:     GCTGGTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAGGGGTGGCA-GTACTATGGCAGG                         GATTCCC-TGGCGCTGGGCCTTCCTCCAA-GTACAACA-GTTGATACA
genomic: GCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTG-CAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACA
EST: gi|110218369|gb|EC900267.1|EC900267
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|15426895|gb|BI542717.1|BI542717
EST:     TCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: TCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|50339577|gb|CO534703.1|CO534703
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|71449945|gb|DR830995.1|DR830995
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|74234856|gb|DT642770.1|DT642770
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCT
EST: gi|18655231|gb|BM500036.1|BM500036
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|76933297|gb|DV173404.1|DV173404
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGGTTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTG
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTG
EST: gi|89761060|gb|DY689225.1|DY689225
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACACCT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|83279132|gb|DV943140.1|DV943140
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|14242956|gb|BG840132.2|BG840132
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|149101490|gb|EE187610.2|EE187610
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAA-GTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|91048482|gb|EB158900.1|EB158900
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: gi|71771103|gb|DR969040.1|DR969040
EST:     AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG                         GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 152

CGACTCGGTGGAGGACGATGTTGTCATGAAGCTGTGGCGGCCTACCATGAAGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTGGCGCAGGTGACGCGTTCGTTGGTGCTCTGCTCCAAAGGATCGTTAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 481

CGACTCGGTGGAGGACGATGTTGTCATGAAGCTGTGGCGGCCTACCATGAAGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTGGCGCAGGTGACGCGTTCGTTGGTGCTCTGCTCCAAAGGATCGTTAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 568

CGACTCGGTGGAGGACGATGTTGTCATGAAGCTGTGGCGGCCTACCATGAAGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTGGCGCAGGTGACGCGTTCGTTGGTGCTCTGCTCCAAAGGATCGTTAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 70

CGACTCGGTGGAGGACGATGTTGTCATGAAGCTGTGGCGGCCTACCATGAAGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTGGCGCAGGTGACGCGTTCGTTGGTGCTCTGCTCCAAAGGATCGTTAAAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CGACTCGGTGGAGGACGATGTTGTCATGAAGCTGTGGCGGCCTACCATGAAGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttcataactttttgattgctgccatcctatgaatgaaaatgggttattgatgaacacttttagcatatataactcgcacactgtgacttggtggaagacttgatgtgcagctgagactcagaagtttaaatatgcttgattggttgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA