1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtatgcttcataactttttgattgctgccatcctatgaatgaaaatgggttattgatgaacacttttagcatatataactcgcacactgtgacttggtggaagacttgatgtgcagctgagactcagaagtttaaatatgcttgattggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTGGCGCAGGTGACGCGTTCGTTGGTGCTCTGCTCCAAAGGATCGTTAAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G086845_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|14244983|gb|BG842921.2|BG842921
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|60395312|gb|DN228181.1|DN228181
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|15499187|gb|BI595700.1|BI595700
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|148958586|gb|EC904833.2|EC904833
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GGATTTTCATGGCGCTGTEST: gi|67040844|gb|CO467099.1|CO467099
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagG-ATTTCCATGGCGCTGT
EST: GCTGCTCCTAGTGACTCTTGGGAGATCAGGGGTGCA-GTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCEST: gi|116828933|gb|EC862399.1|EC862399
genomic: GCTGCTCCTAGTGACTCTTGG-AGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTC
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGT GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|18180287|gb|BM381497.1|BM381497
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|18181260|gb|BM382470.1|BM382470
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: GGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|76020671|gb|DT947841.1|DT947841
genomic: GGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|67011466|gb|CO440215.1|CO440215
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGTGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|15589989|gb|BI674605.1|BI674605
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|4885857|gb|AI676977.1|AI676977
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|71767962|gb|DR965899.1|DR965899
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAA-GTACAACAAGTTGAEST: gi|15554176|gb|BI644174.1|BI644174
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGA
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|71770185|gb|DR968122.1|DR968122
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|149101489|gb|EE187609.2|EE187609
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|37377005|gb|CF625071.1|CF625071
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCTTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|71770186|gb|DR968123.1|DR968123
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAA-GTACAACAAGTTEST: gi|50325898|gb|CO521024.1|CO521024
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|29543424|gb|CB603820.1|CB603820
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|4647599|gb|AI622674.1|AI622674
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACACCAAGTTGATACAACTEST: gi|15426772|gb|BI542594.1|BI542594
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTNGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|32863832|gb|CF003514.1|CF003514
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|60358713|gb|DN225686.1|DN225686
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|148963406|gb|EE014419.2|EE014419
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAGGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACCACAAGTTGATACAACTEST: gi|60336960|gb|DN203933.1|DN203933
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|67039858|gb|CO466113.1|CO466113
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: GCTGGTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAGGGGTGGCA-GTACTATGGCAGG GATTCCC-TGGCGCTGGGCCTTCCTCCAA-GTACAACA-GTTGATACAEST: gi|110218369|gb|EC900267.1|EC900267
genomic: GCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTG-CAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACA
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|15426895|gb|BI542717.1|BI542717
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: TCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|50339577|gb|CO534703.1|CO534703
genomic: TCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|71449945|gb|DR830995.1|DR830995
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|74234856|gb|DT642770.1|DT642770
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTEST: gi|18655231|gb|BM500036.1|BM500036
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|76933297|gb|DV173404.1|DV173404
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGGTTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGEST: gi|89761060|gb|DY689225.1|DY689225
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTG
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACACCTEST: gi|83279132|gb|DV943140.1|DV943140
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|14242956|gb|BG840132.2|BG840132
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|149101490|gb|EE187610.2|EE187610
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAA-GTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|91048482|gb|EB158900.1|EB158900
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTEST: gi|71771103|gb|DR969040.1|DR969040
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
EST: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGG GATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
genomic: AGCTGCTCCTAGTGACTCTTGGAGATCAAGGGTGCAAGTACTATGCCAGGgtatgcttca ... ttggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACT
aagacttgatgtgcagctgagactcagaagtttaaatatgcttgattggttgcagGATTTCCATGGCGCTGTGCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTTGATACAACTGGCGCAGGTGACGCGTTCGTTGGTGCTCTGCTCCAAAGGATCGTTAAAG
gcttgat putative branch site (score: 70)
agaagtttaaatat TA-rich tract