1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...ttcagatgcacatcttatatgcatacccagagagtggcctcatcatgaaactgttttcggtgaatgtatctcaattgcagcttctggctttttactgcagCAAGTACTTATCAGAACACAGATTGCCAGAAAATATCGTCGCAACAACTAGTGCTGCTGATGCTTTAGCAGGAGCTGATTTCTGCTTCCATGCTGTTCCG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G063258_T04 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CTCAGGGACGACCACATCTGCCGGTCCATCAACAACGCACATGTCAATTG CAAGTACTTATCAGAACACAGATTGCCAGAAAATATCGTCGCAACAACTAGEST: gi|91870595|gb|EB400977.1|EB400977
genomic: CTCAGGGACGACCACATCTGCCGGTCCATCAACAACGCACATGTCAATTGgttggtaacc ... tttactgcagCAAGTACTTATCAGAACACAGATTGCCAGAAAATATCGTCGCAACAACTAG
EST: CTCAGGGACGACCACATCTGCCGGTCCATCAACAACGCACATGTCAATTG CAAGTACTTATCAGAACACAGATTGCCAGAAAATATCGTCGCAACAACTAG
genomic: CTCAGGGACGACCACATCTGCCGGTCCATCAACAACGCACATGTCAATTGgttggtaacc ... tttactgcagCAAGTACTTATCAGAACACAGATTGCCAGAAAATATCGTCGCAACAACTAG
tgaaactgttttcggtgaatgtatctcaattgcagcttctggctttttactgcagCAAGTACTTATCAGAACACAGATTGCCAGAAAATATCGTCGCAACAACTAGTGCTGCTGATGCTTTAGCAGGAGCTGATTTCTGCTTCCATGCTGTTCCG
ctttttact CT-rich tract
tttttact TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| ttcagatgcacatcttatatgcatacccagagagtggcctcatcatgaaactgttttcggtgaatgtatctcaattgcagcttctggctttttactgcagCAAGTACTTATCAGAACACAGATTGCCAGAAAATATCGTCGCAACAACTAGTGCTGCTGATGCTTTAGCAGGAGCTGATTTCTGCTTCCATGCTGTTCCG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGTT