1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtatgtatatctgatgttggcaagcgctgagtttagcttttttaagtgatttaagattttggcattttgcttttagctatcgggaagctgatatgatgtaattgtttttttacttgtttgttggtgtatatgaagGAATGGTTTATACCTCAAGGTTCAAGTTACTCTCGTAGGGTTTCAAGCTAAGCAGCATGGTTTTGCTCACTCTATTAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G061485_T01 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GATCACTGACGATATTGATGCTAAGGAAGTGTCTTTCGTCCA GAATGGTTTATACCTCAAGGTTCAAGTTACTCTCGTAGGGTTTCAAGCTAAEST: gi|76280525|gb|DV020093.1|DV020093
genomic: GATCACTGACGATATTGATGCTAAGGAAGTGTCTTTCGTCCAgtatgtatat ... gtatatgaagGAATGGTTTATACCTCAAGGTTCAAGTTACTCTCGTAGGGTTTCAAGCTAA
EST: GATCACTGACGATATTGATGCTAAGGAAGTGTCTTTCGTCCA GAATGGTTTATACCTCAAGGTTCAAGTTACTCTCGTAGGGTTTCAAGCTAAEST: gi|93017035|gb|EB642555.1|EB642555
genomic: GATCACTGACGATATTGATGCTAAGGAAGTGTCTTTCGTCCAgtatgtatat ... gtatatgaagGAATGGTTTATACCTCAAGGTTCAAGTTACTCTCGTAGGGTTTCAAGCTAA
EST: GATCACTGACGATATTGATGCTAAGGAAGTGTCTTTCGTCCA GAATGGTTTATACCTCAAGGTTCAAGTTACTCTCGTAGGGTTTCAAGCTAAEST: gi|211042685|gb|FL406384.1|FL406384
genomic: GATCACTGACGATATTGATGCTAAGGAAGTGTCTTTCGTCCAgtatgtatat ... gtatatgaagGAATGGTTTATACCTCAAGGTTCAAGTTACTCTCGTAGGGTTTCAAGCTAA
EST: GATCACTGACGATATTGATGCTAAGGAAGTGTCTTTCGTCCA GAATGGTTTATACCTCAAGGKTCAAGTTACTCTCGTAGGGTTTCAAGCTAAEST: gi|211304946|gb|FL381245.1|FL381245
genomic: GATCACTGACGATATTGATGCTAAGGAAGTGTCTTTCGTCCAgtatgtatat ... gtatatgaagGAATGGTTTATACCTCAAGGTTCAAGTTACTCTCGTAGGGTTTCAAGCTAA
EST: GATCACTGACGATATTGATGCTAAGGAAGTGTCTTTCGTCCA GAATGGTTTATACCTCAAGGTTCAAGTTACTCTCGTAGGGTTTCAAGCTAAEST: gi|78079429|gb|DV507841.1|DV507841
genomic: GATCACTGACGATATTGATGCTAAGGAAGTGTCTTTCGTCCAgtatgtatat ... gtatatgaagGAATGGTTTATACCTCAAGGTTCAAGTTACTCTCGTAGGGTTTCAAGCTAA
EST: GATCACTGACGATATTGATGCTAAGGAAGTGTCTTTCGTCCA GAATGGTTTATACCTCAAGGTTCAAGTTACTCTCGTAGGGTTTCAAGCTAAEST: gi|71321702|gb|DR797544.1|DR797544
genomic: GATCACTGACGATATTGATGCTAAGGAAGTGTCTTTCGTCCAgtatgtatat ... gtatatgaagGAATGGTTTATACCTCAAGGTTCAAGTTACTCTCGTAGGGTTTCAAGCTAA
EST: GATCACTGACGATATTGATGCTAAGGAAGTGTCTTTCGTCCA GAATGGTTTATACCTCAAGGTTCAAGTTACTCTCGTAGGGTTTCAAGCTAA
genomic: GATCACTGACGATATTGATGCTAAGGAAGTGTCTTTCGTCCAgtatgtatat ... gtatatgaagGAATGGTTTATACCTCAAGGTTCAAGTTACTCTCGTAGGGTTTCAAGCTAA
cgggaagctgatatgatgtaattgtttttttacttgtttgttggtgtatatgaagGAATGGTTTATACCTCAAGGTTCAAGTTACTCTCGTAGGGTTTCAAGCTAAGCAGCATGGTTTTGCTCACTCTATTAG
agctgat putative branch site (score: 7)
atatgatgtaattgtt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgtatatctgatgttggcaagcgctgagtttagcttttttaagtgatttaagattttggcattttgcttttagctatcgggaagctgatatgatgtaattgtttttttacttgtttgttggtgtatatgaagGAATGGTTTATACCTCAAGGTTCAAGTTACTCTCGTAGGGTTTCAAGCTAAGCAGCATGGTTTTGCTCACTCTATTAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAAGCT