Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAACTCAGTGGAGGACGATGTTGTCATGAAGCTGTGGCGACCTACCATGAAGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgctttattttatttttgattgctgctgtcctatggaaatgtgttgttgatgctaaatattcatgggctgcttatattgaactttcactagtgtcttggccaaattcaaagcgtacactttttttagcatatctgcagctgaaactcacacacgtttactatacttgattgcag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G026969_T01
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G026969_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
lower sequence: LOC_Os01g66940.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
CAACTCAGTGGAGGACGATGTTGTCATGAAGCTGTGGCGACCTACCATGAAGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgctttattttatttttgattgctgctgtcctatggaaa---tgtgttgttgatgctaaat---attcatgggctgcttatatt----gaactttcact-agtgtcttggccaaattcaaagcgtacactttttttagcatatctgcagctgaaactcacacacgtttactatacttgattgcag
  ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||     |   |  | ||||   ||   ||     | |  | ||  | | ||     |  ||| |  | |||   ||     || || || | | |||      |  ||    | |   || |  |||||     | |||   |   ||| ||      |||||||    ||||  ||
TGACTCAGTAGAGGATGATGTTGTCATGAAGCTATGGCGCCCTACCATGAAGCTCCTCCTTGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATGCCAGGgtaagctgtattcggagtaataaagttgctaaactgctgattgctttttcttttcgttcaaagcagaacccattgagttcttggcttctataaatttgcatttactgttaaactcgcatagtcaccacccagtccttttaaggcttatgct-ttagtactgacctgaagttactat----gattatag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37397010|gb|CF635799.1|CF635799
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|94474751|gb|EB703709.1|EB703709
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|71424817|gb|DR806448.1|DR806448
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTTCCATGGAGCTGTCCCCTCCCTTTCAA-GTACAAACA-GTCGATAC
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTT-CCATGGAGCTGTCCCTTCC-TT-CAAAGTACAA-CAAGTCGATAC
EST: gi|74244918|gb|DT652832.1|DT652832
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|60394097|gb|DN226967.1|DN226967
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|86471494|gb|DY237864.1|DY237864
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|71301234|gb|DR786653.1|DR786653
EST:     GCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATNCA-GGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCT
genomic: GCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGAT-CAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCT
EST: gi|71772120|gb|DR970057.1|DR970057
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTG
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTG
EST: gi|91056053|gb|EB166471.1|EB166471
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGNAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GGATTTTCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAAC
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagG-ATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAAC
EST: gi|9961423|gb|BE644406.1|BE644406
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|148951326|gb|EC897035.2|EC897035
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|71772119|gb|DR970056.1|DR970056
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|74244919|gb|DT652833.1|DT652833
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTTCCTTCAAGG-ACAACAAGTCGATACGAC
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTT-CCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGAC
EST: gi|74235495|gb|DT643409.1|DT643409
EST:     GCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATNCA-GGATGCAAGTACTATACCAGG                         GGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTA
genomic: GCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGAT-CAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagG-ATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTA
EST: gi|74235494|gb|DT643408.1|DT643408
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|211203037|gb|FL442531.1|FL442531
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|211362442|gb|FL457502.1|FL457502
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|148990818|gb|EE032234.2|EE032234
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|211260824|gb|FL469980.1|FL469980
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|16926239|gb|BM079307.1|BM079307
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|78092755|gb|DV521129.1|DV521129
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGAAACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|71300724|gb|DR786400.1|DR786400
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTC
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTC
EST: gi|71426191|gb|DR807241.1|DR807241
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|71763640|gb|DR961577.1|DR961577
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|78078691|gb|DV507103.1|DV507103
EST:     GCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAAGGATGCA-GTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: GCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAA-GGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|50324290|gb|CO519416.1|CO519416
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|60344172|gb|DN211145.1|DN211145
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|78112339|gb|DV530733.1|DV530733
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|40336934|gb|CK371004.1|CK371004
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: gi|78092754|gb|DV521128.1|DV521128
EST:     AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG                         GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 45 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 44

CAACTCAGTGGAGGACGATGTTGTCATGAAGCTGTGGCGACCTACCATGAAGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTGGCGCAGGCGATGCGTTTGTTGGTGCGCTGCTCCGAAGGATCGTTAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 78

CAACTCAGTGGAGGACGATGTTGTCATGAAGCTGTGGCGACCTACCATGAAGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTGGCGCAGGCGATGCGTTTGTTGGTGCGCTGCTCCGAAGGATCGTTAAAG


Block sizes: 46 (upstream exon), 49 (downstream exon)
Score: 62

CAACTCAGTGGAGGACGATGTTGTCATGAAGCTGTGGCGACCTACCATGAAGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTGGCGCAGGCGATGCGTTTGTTGGTGCGCTGCTCCGAAGGATCGTTAAAG


Block sizes: 49 (upstream exon), 46 (downstream exon)
Score: 24

CAACTCAGTGGAGGACGATGTTGTCATGAAGCTGTGGCGACCTACCATGAAGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTGGCGCAGGCGATGCGTTTGTTGGTGCGCTGCTCCGAAGGATCGTTAAAG


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CAACTCAGTGGAGGACGATGTTGTCATGAAGCTGTGGCGACCTACCATGAAGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgctttattttatttttgattgctgctgtcctatggaaatgtgttgttgatgctaaatattcatgggctgcttatattgaactttcactagtgtcttggccaaattcaaagcgtacactttttttagcatatctgcagctgaaactcacacacgtttactatacttgattgcag

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GCTGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  TGGAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GAGATC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG