1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
gtatgctttattttatttttgattgctgctgtcctatggaaatgtgttgttgatgctaaatattcatgggctgcttatattgaactttcactagtgtcttggccaaattcaaagcgtacactttttttagcatatctgcagctgaaactcacacacgtttactatacttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTGGCGCAGGCGATGCGTTTGTTGGTGCGCTGCTCCGAAGGATCGTTAAAG
species | Zea mays |
transcript | GRMZM2G026969_T01 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|94474751|gb|EB703709.1|EB703709
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|71424817|gb|DR806448.1|DR806448
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTTCCATGGAGCTGTCCCCTCCCTTTCAA-GTACAAACA-GTCGATACEST: gi|74244918|gb|DT652832.1|DT652832
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTT-CCATGGAGCTGTCCCTTCC-TT-CAAAGTACAA-CAAGTCGATAC
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|60394097|gb|DN226967.1|DN226967
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|86471494|gb|DY237864.1|DY237864
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|71301234|gb|DR786653.1|DR786653
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: GCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATNCA-GGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTEST: gi|71772120|gb|DR970057.1|DR970057
genomic: GCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGAT-CAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGEST: gi|91056053|gb|EB166471.1|EB166471
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTG
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGNAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GGATTTTCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACEST: gi|9961423|gb|BE644406.1|BE644406
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagG-ATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAAC
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|148951326|gb|EC897035.2|EC897035
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|71772119|gb|DR970056.1|DR970056
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|74244919|gb|DT652833.1|DT652833
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTTCCTTCAAGG-ACAACAAGTCGATACGACEST: gi|74235495|gb|DT643409.1|DT643409
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTT-CCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGAC
EST: GCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATNCA-GGATGCAAGTACTATACCAGG GGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTAEST: gi|74235494|gb|DT643408.1|DT643408
genomic: GCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGAT-CAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagG-ATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTA
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|211203037|gb|FL442531.1|FL442531
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|211362442|gb|FL457502.1|FL457502
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|148990818|gb|EE032234.2|EE032234
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|211260824|gb|FL469980.1|FL469980
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|16926239|gb|BM079307.1|BM079307
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|78092755|gb|DV521129.1|DV521129
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGAAACGACTEST: gi|71300724|gb|DR786400.1|DR786400
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCEST: gi|71426191|gb|DR807241.1|DR807241
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTC
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|71763640|gb|DR961577.1|DR961577
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|78078691|gb|DV507103.1|DV507103
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: GCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAAGGATGCA-GTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|50324290|gb|CO519416.1|CO519416
genomic: GCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAA-GGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|60344172|gb|DN211145.1|DN211145
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|78112339|gb|DV530733.1|DV530733
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|40336934|gb|CK371004.1|CK371004
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTEST: gi|78092754|gb|DV521128.1|DV521128
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
EST: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGG GATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
genomic: AGCTGCTCCTGGTGACTCTTGGAGATCAAGGATGCAAGTACTATACCAGGgtatgcttta ... ttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACT
ttttttagcatatctgcagctgaaactcacacacgtttactatacttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTGGCGCAGGCGATGCGTTTGTTGGTGCGCTGCTCCGAAGGATCGTTAAAG
tttactata TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgctttattttatttttgattgctgctgtcctatggaaatgtgttgttgatgctaaatattcatgggctgcttatattgaactttcactagtgtcttggccaaattcaaagcgtacactttttttagcatatctgcagctgaaactcacacacgtttactatacttgattgcagGATTTCCATGGAGCTGTCCCTTCCTTCAAAGTACAACAAGTCGATACGACTGGCGCAGGCGATGCGTTTGTTGGTGCGCTGCTCCGAAGGATCGTTAAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT