Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CAACAAAGTGGAGAGATACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAGgtttgccactttgtctcctatatttcatataatattcatatctgtctactagttatgacattagttctatgtccaaacttctctcttgccttcataatctag

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G017835_T03
intron # 8
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G017835_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: GLYMA08G47680.1 (Glycine max), 5'ss of exon 8
CAACAAAGTGGAGAGATACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAGgtttgccactttgtctcct----atatttcatataatattcatatctgtctactagttatgacattagtt---ctatgtccaaacttctctcttgccttcataatctag-----------------------
|||||||||||||||| ||  | | |||||||||||||   ||||||||||||||||||   ||||||||  |   ||| | ||||    || ||||   |||  |  |  | | |||| || |||||   || |||    ||||| ||   || ||  ||  |    |  |  ||                       
CAACAAAGTGGAGAGACACCTCCAGTGGGCAGCATGTTGAATATGATCAACGTCCTGATATGTTTAGgttaccttttttctttccttttgatttttctcttaaattctacttgtttctatta-ttatggtttttgttgttttatgttcatggttatcatttatccatctgcttcagtcttatatttttaatttttgcag

upper sequence: GRMZM2G017835_T03 (Zea mays), 5'ss of exon 8
lower sequence: Vv06s0004g01090.t01 (Vitis vinifera), 5'ss of exon 8
CAACAAAGTGGAGAGATACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAGgtttgccactttgtctcctatatttcatataatattcatatctgtctactagttatgacattagttctatgtccaaacttctctcttgccttcataatctag
||||||||||||| || | |||||||||||||||||||   |||||||| || ||||||   |||||||       | |      | |    |||    | |    || | |  |||  || |         |  ||     |   | | |  ||  | | | ||| ||
CAACAAAGTGGAGGGACAGTGCTAATGGGCAGCATGTTGAATATGATCAGCGGCCTGATATGTTTAGgtgaattgatgttgtgtttgtgggccatgctttgt---gatttttgaacttattttttttaatccttcattcttgattatttttactgtttgcttcatccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|211242969|gb|FL282602.1|FL282602
EST:     ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAG                         AGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
genomic: ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAGgtttgccact ... cataatctagAGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
EST: gi|22819487|gb|BU499577.1|BU499577
EST:     ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGCTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAG                         AGGAACAGTCAGATAATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTA
genomic: ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAGgtttgccact ... cataatctagAGGAACAGTCAGATA-TGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTA
EST: gi|211242967|gb|FL282600.1|FL282600
EST:     ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAG                         AGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
genomic: ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAGgtttgccact ... cataatctagAGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
EST: gi|76015692|gb|DT942862.1|DT942862
EST:     ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAG                         AGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
genomic: ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAGgtttgccact ... cataatctagAGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
EST: gi|32832258|gb|CD971936.1|CD971936
EST:     ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAG                         AGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
genomic: ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAGgtttgccact ... cataatctagAGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
EST: gi|87156608|gb|DY401397.1|DY401397
EST:     ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAG                         AGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
genomic: ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAGgtttgccact ... cataatctagAGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
EST: gi|31440950|gb|CD510381.1|CD510381
EST:     ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAG                         AGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
genomic: ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAGgtttgccact ... cataatctagAGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
EST: gi|32832272|gb|CD971950.1|CD971950
EST:     ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAG                         AGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
genomic: ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAGgtttgccact ... cataatctagAGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
EST: gi|211242968|gb|FL282601.1|FL282601
EST:     ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAG                         AGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
genomic: ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAGgtttgccact ... cataatctagAGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
EST: gi|26559748|gb|CA831983.1|CA831983
EST:     ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAG                         AGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
genomic: ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAGgtttgccact ... cataatctagAGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
EST: gi|32832300|gb|CD971978.1|CD971978
EST:     ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAG                         AGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
genomic: ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAGgtttgccact ... cataatctagAGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
EST: gi|148988749|gb|EE031658.2|EE031658
EST:     ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAG                         AGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
genomic: ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAGgtttgccact ... cataatctagAGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
EST: gi|60345255|gb|DN212228.1|DN212228
EST:     ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAG                         AGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
genomic: ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAGgtttgccact ... cataatctagAGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
EST: gi|32832043|gb|CD971721.1|CD971721
EST:     ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAG                         AGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
genomic: ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAGgtttgccact ... cataatctagAGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
EST: gi|32835538|gb|CD975216.1|CD975216
EST:     ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAG                         AGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
genomic: ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAGgtttgccact ... cataatctagAGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
EST: gi|32835900|gb|CD975578.1|CD975578
EST:     ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAG                         AGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG
genomic: ACTGCTAATGGGCAGCATGTTAGTTATGATCAACGTCCTGATGCCTTTAGgtttgccact ... cataatctagAGGAACAGTCAGATATGCTAGTGTCCATGCACATTTAGGAAGAACCGCTAG