Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttggcctatctgtttctcagttttcagatgtttagagcaaattgatccatgctacatatttttcctgattgttttctcgtctactaagtcaat...

Basic information

species Zea mays
transcript GRMZM2G003734_T01
intron # 22
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: GRMZM2G003734_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 22
lower sequence: LOC_Os04g14654.1 (Oryza sativa), 5'ss of exon 22
GGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttggcctatctgtttctcagttttcagatgtttagagcaaattgatccatgctacatatttttcctgattgttttctcgtctactaagtcaat--
|||||| ||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || || ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||| | ||||||  | ||| |  |    ||| |  ||||| |||||||     ||||| || |  | | |||      |  ||     ||       |   || |  |   
GGTTGGACATCGTTCTCTGGTTTTGGTTGTCTTTATTGGTGGGGTTACTTTTGCAGAGATTGCTGCTCTTCGATTCCTTAGTTCTCAGgtatcctttgccaaaataatttatgtgtttt-agatgttctcctcaaatcga-cagttcgacaccaagatattgtcaagttgggatattttgaaattcacat
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67020761|gb|CO449510.1|CO449510
EST:     GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG                         GAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
genomic: GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttg ... tgtattgcagGAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
EST: gi|60358866|gb|DN225839.1|DN225839
EST:     GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG                         GAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
genomic: GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttg ... tgtattgcagGAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
EST: gi|32933189|gb|CF038001.1|CF038001
EST:     GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTACTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG                         GAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
genomic: GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttg ... tgtattgcagGAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
EST: gi|211528665|gb|FL445659.1|FL445659
EST:     GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG                         GAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
genomic: GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttg ... tgtattgcagGAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
EST: gi|37399448|gb|CF637052.1|CF637052
EST:     GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG                         GAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
genomic: GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttg ... tgtattgcagGAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
EST: gi|60347475|gb|DN214448.1|DN214448
EST:     GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG                         GAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
genomic: GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttg ... tgtattgcagGAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
EST: gi|60353462|gb|DN220435.1|DN220435
EST:     GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG                         GAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
genomic: GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttg ... tgtattgcagGAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
EST: gi|32928012|gb|CF032824.1|CF032824
EST:     GTGGTGTCACATTTGTTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG                         GAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
genomic: GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttg ... tgtattgcagGAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
EST: gi|71440283|gb|DR821333.1|DR821333
EST:     GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG                         GAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
genomic: GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttg ... tgtattgcagGAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
EST: gi|74241259|gb|DT649173.1|DT649173
EST:     GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG                         GAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
genomic: GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttg ... tgtattgcagGAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
EST: gi|76292770|gb|DV032338.1|DV032338
EST:     GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG                         GAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
genomic: GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttg ... tgtattgcagGAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
EST: gi|60401370|gb|DN234177.1|DN234177
EST:     GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG                         GAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
genomic: GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttg ... tgtattgcagGAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
EST: gi|211319487|gb|FL406260.1|FL406260
EST:     TTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG                         GAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
genomic: TTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttg ... tgtattgcagGAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
EST: gi|32942613|gb|CF047432.1|CF047432
EST:     GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTACTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAG                         AAAGGAATGGGCTACAACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA
genomic: GTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttg ... tgtattgcagGAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 4 RNA-Seq libraries.


Block sizes: 49 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 61

GGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttg ... tgtattgcagGAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGAAACACAATACTCAGACCCATTATAGCAAATAGCAAAGAGGGGATGATGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 65

GGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttg ... tgtattgcagGAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGAAACACAATACTCAGACCCATTATAGCAAATAGCAAAGAGGGGATGATGT


Block sizes: 49 (upstream exon), 48 (downstream exon)
Score: 42

GGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttg ... tgtattgcagGAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGAAACACAATACTCAGACCCATTATAGCAAATAGCAAAGAGGGGATGATGT


Block sizes: 43 (upstream exon), 47 (downstream exon)
Score: 34

GGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttg ... tgtattgcagGAAGGAATGGGCTACGACTTTCTTGTTGCAACAACAAAGGTTGTCAATGGAAACACAATACTCAGACCCATTATAGCAAATAGCAAAGAGGGGATGATGT


Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GGTTGGTCATCGCTCTCTGGTTTTGGTTGTATTCATTGGTGGTGTCACATTTGCTGAGATTGCTGCCCTTCGCTTCCTTAGTGCACAGgtacgccttggcctatctgtttctcagttttcagatgtttagagcaaattgatccatgctacatatttttcctgattgttttctcgtctactaagtcaat

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC