1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
gttaagtgcttgatcgttcttgttctcggcttatgatgcgtgattcacagATATGATGCTACAAACACGCGAGGACACGAAGACTTGCCTGTTCCTTCCCACGCAGCAGATCAAGAAGCCATCGCCAGAGCAGGAAGAATTCGAGAGGCT
species | Selaginella moellendorffii |
transcript | EFJ17564 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGTCCAGCGCCATCTCTCCACAATGACGGAGCTCGATGTGCGAGCACACA ATATGATGCTACAAACACGCGAGGACACGAAGACTTGCCTGTTCCTTCCCAEST: gi|169061309|gb|FE470396.1|FE470396
genomic: AGTCCAGCGCCATCTCTCCACAATGACGGAGCTCGATGTGCGAGCACACAgttaagtgct ... tgattcacagATATGATGCTACAAACACGCGAGGACACGAAGACTTGCCTGTTCCTTCCCA
EST: AGTCCAGCGCCATCTCTCCACAATGACGGAGCTCGATGTGCGAGCACACA ATATGATGCTACAAACACGCGAGGACACGAAGACTTGCCTGTTCCTTCCCA
genomic: AGTCCAGCGCCATCTCTCCACAATGACGGAGCTCGATGTGCGAGCACACAgttaagtgct ... tgattcacagATATGATGCTACAAACACGCGAGGACACGAAGACTTGCCTGTTCCTTCCCA
gttaagtgcttgatcgttcttgttctcggcttatgatgcgtgattcacagATATGATGCTACAAACACGCGAGGACACGAAGACTTGCCTGTTCCTTCCCACGCAGCAGATCAAGAAGCCATCGCCAGAGCAGGAAGAATTCGAGAGGCT
gcttgat putative branch site (score: 2)
ttatgat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gttaagtgcttgatcgttcttgttctcggcttatgatgcgtgattcacagATATGATGCTACAAACACGCGAGGACACGAAGACTTGCCTGTTCCTTCCCACGCAGCAGATCAAGAAGCCATCGCCAGAGCAGGAAGAATTCGAGAGGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGATCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGAGG