1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' | 11 5' 3' |
...accacgtcttcagtgtattgtagccggaactggtcatgataatctgttaaagttttgtcttttttcatagttatggttggtaacagtttggattgtgcagGAGAACATTCATGAGCTACCTGCTTATGGAGCAGATGATATGACATTCGTACAAGAGGAAGAAGTATTTCCAGAGCTTCCTGCTGTGATACCTAGTATAC
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S9_474V6.2 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: ATGGGACTGTATACAGATGGGACCATGGTCGTCATGCCTGGATCCCACAA GAGAACATTCATGAGCTACCTGCTTATGGAGCAGATGATATGACATTCGTAEST: gi|162161032|gb|FC337030.1|FC337030
genomic: ATGGGACTGTATACAGATGGGACCATGGTCGTCATGCCTGGATCCCACAAgtaggttcta ... gattgtgcagGAGAACATTCATGAGCTACCTGCTTATGGAGCAGATGATATGACATTCGTA
EST: ATGGGACTGTATACAGATGGGACCATGGTCGTCATGCCTGGATCCCACAA GAGAACATTCATGAGCTACCTGCTTATGGAGCAGATGATATGACATTCGTAEST: gi|162170704|gb|FC346291.1|FC346291
genomic: ATGGGACTGTATACAGATGGGACCATGGTCGTCATGCCTGGATCCCACAAgtaggttcta ... gattgtgcagGAGAACATTCATGAGCTACCTGCTTATGGAGCAGATGATATGACATTCGTA
EST: ATGGGACTGTATACAGATGGGACCATGGTCGTCATGCCTGGATCCCACAA GAGAACATTCATGAGCTACCTGCTEST: gi|162180274|gb|FC355279.1|FC355279
genomic: ATGGGACTGTATACAGATGGGACCATGGTCGTCATGCCTGGATCCCACAAgtaggttcta ... gattgtgcagGAGAACATTCATGAGCTACCTGCT
EST: ATGGGACTGTATACAGATGGGACCATGGTCGTCATGCCTGGATCCCACAA GAGAACATTCATGAGCTACCTGCTTATGGAGCAGATGATATGACATTCGTAEST: gi|100447623|gb|CJ971922.1|CJ971922
genomic: ATGGGACTGTATACAGATGGGACCATGGTCGTCATGCCTGGATCCCACAAgtaggttcta ... gattgtgcagGAGAACATTCATGAGCTACCTGCTTATGGAGCAGATGATATGACATTCGTA
EST: ATGGGACTGTATACAGATGGGACCATGGTCGTCATGCCTGGATCCCACAA GAGAACATTCATGAGCTACCTGCTTATGGAGCAGATGATATGACATTCGTA
genomic: ATGGGACTGTATACAGATGGGACCATGGTCGTCATGCCTGGATCCCACAAgtaggttcta ... gattgtgcagGAGAACATTCATGAGCTACCTGCTTATGGAGCAGATGATATGACATTCGTA
gttaaagttttgtcttttttcatagttatggttggtaacagtttggattgtgcagGAGAACATTCATGAGCTACCTGCTTATGGAGCAGATGATATGACATTCGTACAAGAGGAAGAAGTATTTCCAGAGCTTCCTGCTGTGATACCTAGTATAC
tggtaac putative branch site (score: 2)
ttttttcatagttat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| accacgtcttcagtgtattgtagccggaactggtcatgataatctgttaaagttttgtcttttttcatagttatggttggtaacagtttggattgtgcagGAGAACATTCATGAGCTACCTGCTTATGGAGCAGATGATATGACATTCGTACAAGAGGAAGAAGTATTTCCAGAGCTTCCTGCTGTGATACCTAGTATAC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGCTT