Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

CTTCCTGAGAACGCAGAGCTTATTTGGGACGATGGAAGTCCGTTCCCAGAGCCATGTCTTGACAATGTAGCTCCTATGGTGGGCAAGgtgagtttaggttgcgctgccagcccaattttaagaggatataagattcgatttcgattcatgaagatggattatagcggttgatggtgttcataatgtt...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S9_407V6.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162249309|gb|FC424824.1|FC424824
EST:     GTCCGTTCCCAGAGCCATGTCTTGACAATGTAGCTCCTATGGTGGGCAAG                         TATGAAGCGCTGGCTTGGCTCTTGGGAGGCATGGGATTGTTTGCCGGGATT
genomic: GTCCGTTCCCAGAGCCATGTCTTGACAATGTAGCTCCTATGGTGGGCAAGgtgagtttag ... accggtgcagTATGAAGCGCTGGCTTGGCTCTTGGGAGGCATGGGATTGTTTGCCGGGATT
EST: gi|162212573|gb|FC388965.1|FC388965
EST:     GTCCGTTCCCAGAGCCATGTCTTGACAATGTAGCTCCTATGGTGGGCAAG                         TATGAAGCGCTGGCTTGGCTCTTGGGAGGCATGGGATTGTTTGCCGGGATT
genomic: GTCCGTTCCCAGAGCCATGTCTTGACAATGTAGCTCCTATGGTGGGCAAGgtgagtttag ... accggtgcagTATGAAGCGCTGGCTTGGCTCTTGGGAGGCATGGGATTGTTTGCCGGGATT
EST: gi|18336564|gb|BJ168586.1|BJ168586
EST:     GTCCGTTCCCAGAGCCATGTCTTGACAATGTAGCTCCTATGGTGGGCAAG                         TATGAAGCGCTGGCTTGGCTCTTGGGAGGCATGGGATTGTTTGCCGGGATT
genomic: GTCCGTTCCCAGAGCCATGTCTTGACAATGTAGCTCCTATGGTGGGCAAGgtgagtttag ... accggtgcagTATGAAGCGCTGGCTTGGCTCTTGGGAGGCATGGGATTGTTTGCCGGGATT
EST: gi|162222424|gb|FC398003.1|FC398003
EST:     GTCCGTTCCCAGAGCCATGTCTTGACAATGTAGCTCCTATGGTGGGCAAG                         TATGAAGCGCTGGCTTGGCTCTTGGGAGGCATGGGATTGTTTGCCGGGATT
genomic: GTCCGTTCCCAGAGCCATGTCTTGACAATGTAGCTCCTATGGTGGGCAAGgtgagtttag ... accggtgcagTATGAAGCGCTGGCTTGGCTCTTGGGAGGCATGGGATTGTTTGCCGGGATT
EST: gi|67717671|gb|BJ967930.1|BJ967930
EST:     GTCCGTTCCCAGAGCCATGTCTTGACAATGTAGCTCCTATGGTGGGCAAG                         TATGAAGCGCTGGCTTGGCTCTTGGGAGGCATGGGATTGTTTGCCGGGATT
genomic: GTCCGTTCCCAGAGCCATGTCTTGACAATGTAGCTCCTATGGTGGGCAAGgtgagtttag ... accggtgcagTATGAAGCGCTGGCTTGGCTCTTGGGAGGCATGGGATTGTTTGCCGGGATT
EST: gi|162249308|gb|FC424823.1|FC424823
EST:     GTCCGTTCCCAGAGCCATGTCTTGACAATGTAGCTCCTATGGTGGGCAAG                         TATGAAGCGCTGGCTTGGCTCTTGGGAGGCATGGGATTGTTTGCCGGGATT
genomic: GTCCGTTCCCAGAGCCATGTCTTGACAATGTAGCTCCTATGGTGGGCAAGgtgagtttag ... accggtgcagTATGAAGCGCTGGCTTGGCTCTTGGGAGGCATGGGATTGTTTGCCGGGATT
EST: gi|37823262|gb|BJ581328.1|BJ581328
EST:     GTCCGTTCCCAGAGCCATGTCTTGACAATGTAGCTCCTATGGTGGGCAAG                         TATGAAGCGCTGGCTTGGCTCTTGGGAGGCATGGGATTGTTTGCCGGGATT
genomic: GTCCGTTCCCAGAGCCATGTCTTGACAATGTAGCTCCTATGGTGGGCAAGgtgagtttag ... accggtgcagTATGAAGCGCTGGCTTGGCTCTTGGGAGGCATGGGATTGTTTGCCGGGATT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
CTTCCTGAGAACGCAGAGCTTATTTGGGACGATGGAAGTCCGTTCCCAGAGCCATGTCTTGACAATGTAGCTCCTATGGTGGGCAAGgtgagtttaggttgcgctgccagcccaattttaagaggatataagattcgatttcgattcatgaagatggattatagcggttgatggtgttcataatgtt

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGTGG