1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' |
gtatgatttcatacgtatgtcttgtaagattaaccaatatgctgtgaacttgaaacggttttattatatattaacgtgtagtggatcatttgttcccgatgtcttgttaccatttaaacaataaccgtttattattctgcttggaacagCTGGTGTATACGTTAAAATGAAGAAGCCGAATGCTGCAATTAGAGACGCTGATGCTGCTATCAAG
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S9_386V6.3 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGAAGCTATAATCTGCAATCCACATTCAGCAATCCTATTCGCCAACCGAG CTGGTGTATACGTTAAAATGAAGAAGCCGAATGCTGCAATTAGAGACGCTG
genomic: CGAAGCTATAATCTGCAATCCACATTCAGCAATCCTATTCGCCAACCGAGgtatgatttc ... cttggaacagCTGGTGTATACGTTAAAATGAAGAAGCCGAATGCTGCAATTAGAGACGCTG
cccgatgtcttgttaccatttaaacaataaccgtttattattctgcttggaacagCTGGTGTATACGTTAAAATGAAGAAGCCGAATGCTGCAATTAGAGACGCTGATGCTGCTATCAAG
caataac putative branch site (score: 2)
ttctgctt putative PPT
atttaaacaataa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtatgatttcatacgtatgtcttgtaagattaaccaatatgctgtgaacttgaaacggttttattatatattaacgtgtagtggatcatttgttcccgatgtcttgttaccatttaaacaataaccgtttattattctgcttggaacagCTGGTGTATACGTTAAAATGAAGAAGCCGAATGCTGCAATTAGAGACGCTGATGCTGCTATCAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCTGCT