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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCGTTCATGGTGTTGTTGGCGCAACAAGTTCGTGCTGAAAGTGGATGGAACGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgaggctccaccatagccgagtccaaacttgcaactcgttcacttaactcactgccctaaggttgtgtagttaagacataaagtgaatctctccggttgttcattcag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S9_119V6.2
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100388160|gb|BY988633.1|BY988633
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|208355515|gb|DC942635.1|DC942635
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|100388610|gb|BY970758.1|BY970758
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|67703237|gb|BJ963470.1|BJ963470
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAAATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCA
EST: gi|208356757|gb|DC906419.1|DC906419
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|100426859|gb|BY977399.1|BY977399
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|100378909|gb|BY986478.1|BY986478
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|100423154|gb|BY958173.1|BY958173
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|208393097|gb|DC929592.1|DC929592
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|100445620|gb|CJ969919.1|CJ969919
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|67709505|gb|BJ965321.1|BJ965321
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|100376774|gb|BY949458.1|BY949458
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|208344799|gb|DC912633.1|DC912633
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|208357596|gb|DC914010.1|DC914010
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGANATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|100419650|gb|BY957665.1|BY957665
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|208356238|gb|DC902232.1|DC902232
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|208400009|gb|DC908600.1|DC908600
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|100397014|gb|BY953941.1|BY953941
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|208360203|gb|DC939200.1|DC939200
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|100355571|gb|BY946000.1|BY946000
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|100390511|gb|BY952919.1|BY952919
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|100386566|gb|BY951362.1|BY951362
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|208393357|gb|DC904017.1|DC904017
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACNGNGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|208368765|gb|DC940060.1|DC940060
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|208393629|gb|DC904345.1|DC904345
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|100447373|gb|CJ971672.1|CJ971672
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACNGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACNAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|100362922|gb|BY947596.1|BY947596
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|208387945|gb|DC932869.1|DC932869
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
EST: gi|100421778|gb|BY993639.1|BY993639
EST:     CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAG                         GTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA
genomic: CGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCA

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 34 (downstream exon)
Score: 19

GCGTTCATGGTGTTGTTGGCGCAACAAGTTCGTGCTGAAAGTGGATGGAACGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgagg ... gttcattcagGTGGTGCTTGCGGGTACGGAGATCTCTACAGCACTGGCTATGGCACCAGCACAGTCGCCATAAGCTCAGCTCTTTTCGACCGTGGCCTCGCATGCGGTGC




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
GCGTTCATGGTGTTGTTGGCGCAACAAGTTCGTGCTGAAAGTGGATGGAACGAAGCTCATGCTACATTTTACGGTGGTAGCGATGCCGGTGGCACAACAGgtactcgaggctccaccatagccgagtccaaacttgcaactcgttcacttaactcactgccctaaggttgtgtagttaagacataaagtgaatctctccggttgttcattcag

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