Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...ttatcgccatgtcaatttgcacatgctctgcaataatgatttagtagtggggttgagcgtggcctaatcagaggacggaatgggcttattccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTTGGCGCAACAAGTTCGTGCTGAAAGTGGATGGAACGAAGCTCATGCTACA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S9_119V6.2
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100388160|gb|BY988633.1|BY988633
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|100362951|gb|BY984283.1|BY984283
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|208355515|gb|DC942635.1|DC942635
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|100388610|gb|BY970758.1|BY970758
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|67703237|gb|BJ963470.1|BJ963470
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|208356757|gb|DC906419.1|DC906419
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|100426859|gb|BY977399.1|BY977399
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|100378909|gb|BY986478.1|BY986478
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|100423154|gb|BY958173.1|BY958173
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|208393097|gb|DC929592.1|DC929592
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|100445620|gb|CJ969919.1|CJ969919
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|100443676|gb|BY963773.1|BY963773
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|67709505|gb|BJ965321.1|BJ965321
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|100376774|gb|BY949458.1|BY949458
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|208344799|gb|DC912633.1|DC912633
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|208357596|gb|DC914010.1|DC914010
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|100419650|gb|BY957665.1|BY957665
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|208356238|gb|DC902232.1|DC902232
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGATTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|208400009|gb|DC908600.1|DC908600
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|100397014|gb|BY953941.1|BY953941
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|208360203|gb|DC939200.1|DC939200
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|100355571|gb|BY946000.1|BY946000
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|100390511|gb|BY952919.1|BY952919
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|100386566|gb|BY951362.1|BY951362
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|208393357|gb|DC904017.1|DC904017
EST:     TCNTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCANCCCAGATTGTGNTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|208368765|gb|DC940060.1|DC940060
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|208393629|gb|DC904345.1|DC904345
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|100447373|gb|CJ971672.1|CJ971672
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|100362922|gb|BY947596.1|BY947596
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|208387945|gb|DC932869.1|DC932869
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
EST: gi|100421778|gb|BY993639.1|BY993639
EST:     TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAA                         AACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT
genomic: TCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 31 (upstream exon), 25 (downstream exon)
Score: 14

TTCCCCGCCCGTGAAGGTTGCGAGATTGGGTTGTGATCGCGTGGTGGTGTTCGTTGTGTGAAGTGTGACAACTTTCTTGTCCAGCGTATAGACTTTCGAAgtatggccat ... ccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTTGGCGCAACAAGTTCGTGCTGAAAGTGGATGGAACGAAGCTCATGCTACA




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

agtggggttgagcgtggcctaatcagaggacggaatgggcttattccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTTGGCGCAACAAGTTCGTGCTGAAAGTGGATGGAACGAAGCTCATGCTACA
                gcctaat  putative branch site (score: 14)
                                       cttattcctt  putative PPT
                                        ttatt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
ttatcgccatgtcaatttgcacatgctctgcaataatgatttagtagtggggttgagcgtggcctaatcagaggacggaatgggcttattccttgtgcagAACTATGGCAAAGTTCTCAGCCCAGATTGTGGTGGCGTTCATGGTGTTGTTGGCGCAACAAGTTCGTGCTGAAAGTGGATGGAACGAAGCTCATGCTACA

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGTGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  GATGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA
- - - - - - - - - -cacatgc