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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtacgtcgatgtggggaagatgttgggttgcagtgcttctctcttcgcaactgtgaaccaaacctcgtgatgagcagtggggacatcaaacgcaccctgacgtggaattaacgtggtgttgtgatgcagGGTGGTGTTGGCTCCGCTCACAAGGTCTCGCTCTTACGGGTGCAAGCCGCAGCCGCACGCCGCACTCTATTATGCGCAGCGCACTAGTCCCGGGGGTCTA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S9_107V6.2
intron # 2
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


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EST:     CAGAAGTTGTTGACGCCATTGCAGCTGGGACCCTTTAAGCTCGCTCACCG                         GGTGGTGTTGGCTCCGCTCACAAGGTCTCGCTCTTACGGGTGCAAGCCGCA
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EST: gi|100451984|gb|CJ975041.1|CJ975041
EST:     CAGAAGTTGTTGACGCCATTGCAGCTGGGACCCTTTAAGCTCGCTCACCG                         GGTGGTGTTGGCTCCGCTCACAAGGTCTCGCTCTTACGGGTGCAAGCCGCA
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EST: gi|162192595|gb|FC370642.1|FC370642
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EST: gi|162229915|gb|FC407277.1|FC407277
EST:     CAGAAGTTGTTGACGCCATTGCAGCTGGGACCCTTTAAGCTCGCTCACCG                         GGTGGTGTTGGCTCCGCTCACAAGGTCTCGCTCTTACGGGTGCAAGCCGCA
genomic: CAGAAGTTGTTGACGCCATTGCAGCTGGGACCCTTTAAGCTCGCTCACCGgtacgtcgat ... tgtgatgcagGGTGGTGTTGGCTCCGCTCACAAGGTCTCGCTCTTACGGGTGCAAGCCGCA


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cagtggggacatcaaacgcaccctgacgtggaattaacgtggtgttgtgatgcagGGTGGTGTTGGCTCCGCTCACAAGGTCTCGCTCTTACGGGTGCAAGCCGCAGCCGCACGCCGCACTCTATTATGCGCAGCGCACTAGTCCCGGGGGTCTA
                               aattaac  putative branch site (score: 2)
                               aattaa  TA-rich tract