Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aaatgttgcttctagtgcccttcacgcgaagattatttactaaggatactgttgtaggccttcctgcgagcaattatctcatgttgttatcgtggatcagTGCAGGGATAACGGAGGGATTCTCAATGTGTGCTGGGGATTTTGTTGAGGTCTACAGTCATCCAAGTCAGGCAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S98_148V6.1
intron # 12
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S98_148V6.1 (Physcomitrella patens), 3'ss of exon 12
lower sequence: LOC_Os05g43560.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 12
-aaatgttgcttctagtgcccttcacgcgaagattatttactaaggatactgttgtaggccttcctgcgagcaattatctcatgttgttatcgtggatcagTGCAGGGATAACGGAGGGATTCTCAATGTGTGCTGGGGATTTTGTTGAGGTCTACAGTCATCCAAGTCAGGCAG
 |||||||   |   || || | ||   | |||  |  |       || || ||||    || | |        |    |    || || || |    |||  ||||||| || || ||||| || ||||||||||| |||||||| |||||||||| | |   ||| || | | 
gaaatgtttacttatgttccttgcaaaaggagagaaactgtccgttat-ctcttgttatgctacatatttatcttatgtttgccttcttttcttttgacagCTCAGGGATCACAGAAGGATTTTCTATGTGTGCTGGTGATTTTGTAGAGGTCTACAATGAAGAAAGCCAAGAAT


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

atactgttgtaggccttcctgcgagcaattatctcatgttgttatcgtggatcagTGCAGGGATAACGGAGGGATTCTCAATGTGTGCTGGGGATTTTGTTGAGGTCTACAGTCATCCAAGTCAGGCAG
                          aattatct  TA-rich tract