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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAATCCCTACATTGGAGTGGATGCCGGAATGCGCACCCTTTGCTCTGTTTGAGTCTGTACAGATAGCAGGTAGTGCCGCCTTTTGTCGGAGTTCTTTAGgtaagctaaggaaggctgctgtgtagtgttttgttcagagcttgaacaatctcggtatctattagggtgtagccatatatcagcgtgcatcctcttagctagggttgtgcatatcgctcttctgttgtttacatgtgtacgcacaagtgcgctcgtaataattcttggttgagttttgcacag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S97_54V6.3
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208368661|gb|DC947936.1|DC947936
EST:     TGAGTCTGTACAGATAGCAGGTAGTGCCGCC-TTTGTCGGAGNTCCTTAG                         TTTGTTAAGAACGATGTAACGTCTGCAATCGGCGTTCTTAAGGGAGGCTTC
genomic: TGAGTCTGTACAGATAGCAGGTAGTGCCGCCTTTTGTCGGAGTTCTTTAGgtaagctaag ... ttttgcacagTTTGTTAAGAACGATGTAACGTCTGCAATCGGCGTTCTTAAGGGAGGCTTC
EST: gi|18326676|gb|BJ158675.1|BJ158675
EST:     TGAGTCTGTACAGATAGCAGGTAGTGCCGCCTTTTGTCGGAGTTCTTTAG                         TTTGTTAAGAACGATGTAACGTCTGCAATCGGCGTTCTTAAGGGAGGCTTC
genomic: TGAGTCTGTACAGATAGCAGGTAGTGCCGCCTTTTGTCGGAGTTCTTTAGgtaagctaag ... ttttgcacagTTTGTTAAGAACGATGTAACGTCTGCAATCGGCGTTCTTAAGGGAGGCTTC
EST: gi|67692998|gb|BJ953231.1|BJ953231
EST:     CGCCTTTTGTCGGAGTTCTTTAG                         TTTGTTAAGAACGATGTAACGTCTGCAATCGGCGTTCTTAAGGGAGGCTTC
genomic: CGCCTTTTGTCGGAGTTCTTTAGgtaagctaag ... ttttgcacagTTTGTTAAGAACGATGTAACGTCTGCAATCGGCGTTCTTAAGGGAGGCTTC
EST: gi|208388641|gb|DC953431.1|DC953431
EST:     GAGTCTGTACAGATAGCAGGTAGTGCCGCC-TTTGTCGGAGTTCTTTAG                         TTTGTTAAGAACGATGTAACGTCTGCAATCGGCGTTCTTAAGGGAGGCTTC
genomic: GAGTCTGTACAGATAGCAGGTAGTGCCGCCTTTTGTCGGAGTTCTTTAGgtaagctaag ... ttttgcacagTTTGTTAAGAACGATGTAACGTCTGCAATCGGCGTTCTTAAGGGAGGCTTC
EST: gi|208373911|gb|DC940422.1|DC940422
EST:     TGAGTCTGTACAGATAGCAGGTAGTGCCGCCTTTTGTCGGAGTTCTTTAG                         TTTGTTAAGAACGATGTAACGTCTGCAATCGGCGTTCTTAAGGGAGGCTTC
genomic: TGAGTCTGTACAGATAGCAGGTAGTGCCGCCTTTTGTCGGAGTTCTTTAGgtaagctaag ... ttttgcacagTTTGTTAAGAACGATGTAACGTCTGCAATCGGCGTTCTTAAGGGAGGCTTC
EST: gi|18330055|gb|BJ162061.1|BJ162061
EST:     TGAGTCTGTACAGATAGCAGGTAGTGCCGCCTTTTGTCGGAGTTCTTTAG                         TTTGTTAAGAACGATGTAACGTCTGCAATCGGCGTTCTTAAGGGAGGCTTC
genomic: TGAGTCTGTACAGATAGCAGGTAGTGCCGCCTTTTGTCGGAGTTCTTTAGgtaagctaag ... ttttgcacagTTTGTTAAGAACGATGTAACGTCTGCAATCGGCGTTCTTAAGGGAGGCTTC
EST: gi|37850242|gb|BJ608250.1|BJ608250
EST:     GCCTTTTGTCGGAGTTCTTTAG                         TTTGTTAAGAACGATGTAACGTCTGCAATCGGCGTTCTTAAGGGAGGCTTC
genomic: GCCTTTTGTCGGAGTTCTTTAGgtaagctaag ... ttttgcacagTTTGTTAAGAACGATGTAACGTCTGCAATCGGCGTTCTTAAGGGAGGCTTC
EST: gi|162248874|gb|FC422881.1|FC422881
EST:     CAGATAGCAGGTAGTGCCGCCTTTTGTCGGAGTTCTTTAG                         TTTGTTAAGAACGATGTAACGTCTGCAATCGGCGTTCTTAAGGGAGGCTTC
genomic: CAGATAGCAGGTAGTGCCGCCTTTTGTCGGAGTTCTTTAGgtaagctaag ... ttttgcacagTTTGTTAAGAACGATGTAACGTCTGCAATCGGCGTTCTTAAGGGAGGCTTC
EST: gi|18361892|gb|BJ193959.1|BJ193959
EST:     TGAGTCTGTACAGATAGCAGGTAGTGCCGCCTTTTGTCGGAGTTCTTTAG                         TTTGTTAAGAACGATGTAACGTCTGCAATCGGCGTTCTTAAGGGAGGCTTC
genomic: TGAGTCTGTACAGATAGCAGGTAGTGCCGCCTTTTGTCGGAGTTCTTTAGgtaagctaag ... ttttgcacagTTTGTTAAGAACGATGTAACGTCTGCAATCGGCGTTCTTAAGGGAGGCTTC