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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gttcgtgtacctcactgtttttactacttcgccctcatcaaacaaacaaaccacctctgctcttgctttgttcgccgtttccttcgattcagcgccactcaccgtattcgtttttctatgttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTCAAGTACAAACGCCGCAGAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S97_115V6.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|67702770|gb|BJ963003.1|BJ963003
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
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EST: gi|19783109|gb|BQ039966.1|BQ039966
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|208357798|gb|DC902322.1|DC902322
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|100358980|gb|BY946785.1|BY946785
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|18374521|gb|BJ206099.1|BJ206099
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|162272450|gb|FC448257.1|FC448257
EST:     CGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGT
genomic: CGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCAT-Ggttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGT
EST: gi|18358508|gb|BJ190567.1|BJ190567
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genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|208353727|gb|DC929728.1|DC929728
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|162277107|gb|FC453329.1|FC453329
EST:     TGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGT
genomic: TGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagG-CTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGT
EST: gi|208384078|gb|DC911242.1|DC911242
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EST: gi|100439619|gb|BY962024.1|BY962024
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genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|208371502|gb|DC931853.1|DC931853
EST:     CCCCATCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAANAGGTTTCAGGTC
genomic: CCCC-TCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|208353771|gb|DC906459.1|DC906459
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EST: gi|67575424|gb|BJ948248.1|BJ948248
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EST: gi|162272174|gb|FC448683.1|FC448683
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EST: gi|208356892|gb|DC902388.1|DC902388
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EST: gi|18358614|gb|BJ190673.1|BJ190673
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EST: gi|18370132|gb|BJ201734.1|BJ201734
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
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EST: gi|100389906|gb|BY971258.1|BY971258
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
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EST: gi|18328094|gb|BJ160098.1|BJ160098
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
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EST: gi|208368428|gb|DC935993.1|DC935993
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
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EST: gi|208390486|gb|DC933743.1|DC933743
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EST: gi|208390980|gb|DC929299.1|DC929299
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genomic: CCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCG-CTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|67704733|gb|BJ964966.1|BJ964966
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EST: gi|18349423|gb|BJ181472.1|BJ181472
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EST: gi|162206208|gb|FC382278.1|FC382278
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genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|208359557|gb|DC943141.1|DC943141
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genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|162220864|gb|FC395841.1|FC395841
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genomic: CCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCC-ATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGT
EST: gi|18374450|gb|BJ206028.1|BJ206028
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genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|162243425|gb|FC425121.1|FC425121
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genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|208361633|gb|DC942862.1|DC942862
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genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|162262087|gb|FC437375.1|FC437375
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genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|208397615|gb|DC912233.1|DC912233
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genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|208367387|gb|DC939889.1|DC939889
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genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|100425317|gb|BY977082.1|BY977082
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genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|208369289|gb|DC936062.1|DC936062
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|208354856|gb|DC942790.1|DC942790
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|18368294|gb|BJ200379.1|BJ200379
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|18343695|gb|BJ175733.1|BJ175733
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|18356386|gb|BJ188445.1|BJ188445
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|100373484|gb|BY948954.1|BY948954
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EST: gi|18356371|gb|BJ188430.1|BJ188430
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genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|208376284|gb|DC902665.1|DC902665
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|208384902|gb|DC903409.1|DC903409
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|162208833|gb|FC384969.1|FC384969
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EST:     GCCCCTCGGCGCGCTCTGGTGCCGCTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|208351849|gb|DC913750.1|DC913750
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAGCAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|208390797|gb|DC938390.1|DC938390
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|208390618|gb|DC937550.1|DC937550
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|162198616|gb|FC374775.1|FC374775
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
EST: gi|208389475|gb|DC929414.1|DC929414
EST:     GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATG                         GCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC
genomic: GCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTC

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 152

TTTGCTGGAGCCTCTGGTGCTCTCTCTTTGAAGCGCCTCCCCCTCAGGTTGCCCCTCGTCGCGCTCTGGTGCCGTTGCCCTGGGAGCTCGCTTCGCCATGgttcgtgtac ... ttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTCAAGTACAAACGCCGCAGAG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cgtttccttcgattcagcgccactcaccgtattcgtttttctatgttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTCAAGTACAAACGCCGCAGAG
                    cactcac  putative branch site (score: 152)
                                   tttttctat  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gttcgtgtacctcactgtttttactacttcgccctcatcaaacaaacaaaccacctctgctcttgctttgttcgccgtttccttcgattcagcgccactcaccgtattcgtttttctatgttgtgatcagGCTTTTATCAAGCCTAACAAGACCAAGGCCTACTTTAAGAGGTTTCAGGTCAAGTACAAACGCCGCAGAG

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