1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
CTTGTTTGACACGCAGAGACTCCTCCACATTGCTCGTCTCGCGACCACTGCCGCGTGTTGGTTTGAGTGAGACTGTGGGAGCTCCTCCGCCTTGGCGCAGgttcgttgtccttgtcctggaatggctgtgcgaggattcattcccgcttacccgcactcgttagttatttaatactgggcagggttgtgaatggacacag...
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S94_113V6.1 |
intron # | 1 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CCGCGTGTTGGTTTGAGTGAGACTGTGGGAGCTCCTCCGCCTTGGCGCAG GTTGCGATCGTTTAATCCCGGTCGTGAAATGCGTGACACTCTACGAATTATEST: gi|18372611|gb|BJ204213.1|BJ204213
genomic: CCGCGTGTTGGTTTGAGTGAGACTGTGGGAGCTCCTCCGCCTTGGCGCAGgttcgttgtc ... tcgtgtgcagGTTGCGATCGTTTAATCCCGGTCGTGAAATGCGTGACACTCTACGAATTAT
EST: CCGCGTGTTGGTTTGAGTGAGACTGTGGGAGCTCCTCCGCCTTGGCGCAG GTTGCGATCGTTTAATCCCGGTCGTGAAATGCGTGACACTCTACGAATTATEST: gi|18353702|gb|BJ185757.1|BJ185757
genomic: CCGCGTGTTGGTTTGAGTGAGACTGTGGGAGCTCCTCCGCCTTGGCGCAGgttcgttgtc ... tcgtgtgcagGTTGCGATCGTTTAATCCCGGTCGTGAAATGCGTGACACTCTACGAATTAT
EST: CCGCGTGTTGGTTTGAGTGAGACTGTGGGAGCTCCTCCGCCTTGGCGCAG GTTGCGATCGTTTAATCCCGGTCGTGAAATGCGTGACACTCTACGAATTATEST: gi|18364068|gb|BJ196141.1|BJ196141
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atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| CTTGTTTGACACGCAGAGACTCCTCCACATTGCTCGTCTCGCGACCACTGCCGCGTGTTGGTTTGAGTGAGACTGTGGGAGCTCCTCCGCCTTGGCGCAGgttcgttgtccttgtcctggaatggctgtgcgaggattcattcccgcttacccgcactcgttagttatttaatactgggcagggttgtgaatggacacag
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