Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AATCAACCAGGCCATTGGTGCTACTGGTGTTGTTAGCCAGCAGTGCAAGATGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaaaaatattgcttttacgttattgatatggattatgttcatgtactgccttggagtattgaattttcttaggtgaaaggtgcacgagtgcaa...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S93_73V6.1
intron # 6
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S93_73V6.1 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 6
lower sequence: AT1G62290.2 (Arabidopsis thaliana), 5'ss of exon 8
AATCAACCAGGCCATTGGTGCTACTGGTGTTGTTAGCCAGCAGTGCAAGATGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaaaaatattgct-tttacgtta-ttgatatggattatgttcatgtactgccttggagtattgaattttcttaggtgaaaggtgcacgagtgcaa---
 || ||  |||| ||||| ||  |||| ||||||||||||||||||||||  |||||| | ||||||||  |    ||| | ||  | || || ||| ||||||    || | | ||  | | || | || ||||||  ||        ||| |     |  |  | ||   ||    ||  || ||       |  |       
GATAAATAAGGCTATTGGAGCATCTGGAGTTGTTAGCCAGCAGTGCAAGACTGTTGTTGACCAGTATGGACAAACCATTTTGGATTTACTTTTGGCTGAGgtaa---gaatattgttaatatatatgatacttgatacagaacgca---atgaatcatatatgcttttttttttgctgtatatgcaactcttttgcttcttccag
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|37843620|gb|BJ601628.1|BJ601628
EST:     TCTTAGCTCAG                         ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
genomic: TCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: gi|67727802|gb|BJ978061.1|BJ978061
EST:     TGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTC-TAGCTCAG                         ATGAACCCC-GGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
genomic: TGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: gi|67723608|gb|BJ973867.1|BJ973867
EST:     TGTTCAGCAGTATNGTGACCAGATTGGTGAGATGCTCTTAGCTCAG                         ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
genomic: TGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: gi|162227601|gb|FC402308.1|FC402308
EST:     TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG                         ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: gi|162188197|gb|FC363963.1|FC363963
EST:     TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG                         ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: gi|162174832|gb|FC351624.1|FC351624
EST:     AGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG                         ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
genomic: AGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: gi|162187793|gb|FC364172.1|FC364172
EST:     TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG                         ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: gi|100356155|gb|BY946224.1|BY946224
EST:     TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG                         ATGAACCCCGGGGAAAGTATGCACTACTCTTTGTTTATGCAACTTTCGGAG
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGG-AAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTT-CGGAG
EST: gi|208362837|gb|DC950637.1|DC950637
EST:     TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG                         ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: gi|208369244|gb|DC944561.1|DC944561
EST:     TGG-TGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATNG-TGAGATGCT-TTAGCTCAG                         ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: gi|161982347|gb|EE296254.1|EE296254
EST:     TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG                         ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: gi|162162646|gb|FC338948.1|FC338948
EST:     TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG                         ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: gi|162180470|gb|FC356112.1|FC356112
EST:     TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG                         ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: gi|37825584|gb|BJ583650.1|BJ583650
EST:     TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTNTTAGCTCAG                         ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: gi|37850428|gb|BJ608436.1|BJ608436
EST:     TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG                         ATGAACCCCGGGAAAGGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGC
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAA-GTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGC
EST: gi|67726749|gb|BJ977008.1|BJ977008
EST:     GGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG                         ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
genomic: -GGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: gi|208395260|gb|DC916069.1|DC916069
EST:     T-GNTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG                         ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: gi|208375136|gb|DC944861.1|DC944861
EST:     TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG                         ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: gi|162164608|gb|FC341903.1|FC341903
EST:     TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG                         ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
EST: gi|162166829|gb|FC343006.1|FC343006
EST:     TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAG                         ATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT
genomic: TGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 35 (upstream exon), 35 (downstream exon)
Score: 119

AATCAACCAGGCCATTGGTGCTACTGGTGTTGTTAGCCAGCAGTGCAAGATGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaa ... tttactacagATGAACCCCGGGAAAGTATGCACTACTCTTGGTTTATGCAACTTCGGAGCTGGTGAGCCAGGGATTGCCAGCGTTGTGGAGAAGGACCAGTCTCATTCTC




<











<


<









Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
AATCAACCAGGCCATTGGTGCTACTGGTGTTGTTAGCCAGCAGTGCAAGATGGTTGTTCAGCAGTATGGTGACCAGATTGTTGAGATGCTCTTAGCTCAGgtaacttaaaaaatattgcttttacgttattgatatggattatgttcatgtactgccttggagtattgaattttcttaggtgaaaggtgcacgagtgcaa

- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -  AGCTCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -aaaaaata