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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagaatggatcgtctttctcaaccaacagttcagtgtatccactttaagagcagagttttacccacaggacaaggtttgagacgaaatagatgattgattctgtatgaaagagcagGTACTGGAGGAAAAGCGGGGGGCAGTGGAGGAGGTGGAGGGGTCAAATCGGTGGTGTTAGCGATGATCAAAAACTTGCCACCTAATTTCGACATAGAAAC

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S91_54V6.2
intron # 31
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|100386662|gb|BY970203.1|BY970203
EST:     AACTACTTTGATCTTGTATTCGTTGCTGCTTGCTTCATCAGATGCAATCG                         GTACTGGAGGAAAAGCGGGGGGCAGTGGAGGAGGTGGAGGGGTCAAATCGG
genomic: AACTACTTTGATCTTGTATTCGTTGCTGCTTGCTTCATCAGATGCAATCGgtaagaatgg ... gaaagagcagGTACTGGAGGAAAAGCGGGGGGCAGTGGAGGAGGTGGAGGGGTCAAATCGG






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

cccacaggacaaggtttgagacgaaatagatgattgattctgtatgaaagagcagGTACTGGAGGAAAAGCGGGGGGCAGTGGAGGAGGTGGAGGGGTCAAATCGGTGGTGTTAGCGATGATCAAAAACTTGCCACCTAATTTCGACATAGAAAC
                               gattgat  putative branch site (score: 4)
                       aaatagat  TA-rich tract