Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   		17  
 5'  3'   		18  
 5'  3'   		19  
 5'  3'   		20  
 5'  3'   
21  
 5'  3'   		22  
 5'  3'   		23  
 5'  3'   		24  
 5'  3'   		25  
 5'  3'   		26  
 5'  3'   		27  
 5'  3'   		28  
 5'  3'   		29  
 5'  3'   		30  
 5'  3'   		31  
 5'  3'   		32  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GCAGCCGACATGGGAATGTCAGAAAAGTTTGCGCCCATTTCTCTTGGTCAAGGCCAGGGACCCAAGGCCAAGGTTCTCATTGCCGATGCCCAGACTTCGGgtcagtttcgcattcgagatgtgcttctcagtaccacacaaattttatatatatttctggaacatgttatacacccacaaacagttcaagtgtaacaaatggaggtttttgtcttgttccacactgacctgattacatcttaattttgcacag

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S91_54V6.2
intron # 27
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: PP1S91_54V6.2 (Physcomitrella patens), 5'ss of exon 27
lower sequence: EFJ13707 (Selaginella moellendorffii), 5'ss of exon 30
GCAGCCGACATGGGAATGTCAGAAAAGTTTGCGCCCATTTCTCTTGGTCAAGGCCAGGGACCCAAGGCCAAGGTTCTCATTGCCGATGCCCAGACTTCGGgtcagtttcgcattcgagatgtgcttctcagtaccaca-caaattttatatatatttctggaacatgttatacacccacaaacagttcaagtgtaacaaatggaggtttttgtcttgttccacactgacctgattacatcttaattttgcacag
     |||||||| ||||  ||| | | |||| |||||||||||||| |||||||| ||||| ||||||  |    | ||  ||||||||  | |  | |||   |      |   |||     ||  |  || | |  |  | |||  |                                                                                                        
----GCGACATGGAAATGGGAGACAGGCTTGCTCCCATTTCTCTTGGGCAAGGCCAAGGACCAAAGGCCGCGACGATGATCACCGATGCCATGGCAACAGgttc-tcaaaactataagacaatattaactctaacgcggcggactttcaag-------------------------------------------------------------------------------------------------------