Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   
2  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

AGTGCTGCCGTGGTCGTGAAGCCGATCTCGGCTTCTAAAGCTGTTGTGTTCCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtcttaaaacttggtggttgttcatttgtgcgaattgttggttggttggttggttagttggattcatttgggtcttgcattgtgcatgtgtcgggg...

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S91_15V6.1
intron # 1
splice site 5'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|208363209|gb|DC931261.1|DC931261
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|67698575|gb|BJ958808.1|BJ958808
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|67572128|gb|BJ944952.1|BJ944952
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|162227947|gb|FC404580.1|FC404580
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|67694795|gb|BJ955028.1|BJ955028
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|18363085|gb|BJ195157.1|BJ195157
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|162227946|gb|FC404579.1|FC404579
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|67695495|gb|BJ955728.1|BJ955728
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|37840299|gb|BJ598307.1|BJ598307
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|67575120|gb|BJ947944.1|BJ947944
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
EST: gi|67571460|gb|BJ944284.1|BJ944284
EST:     CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTG                         GAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT
genomic: CCAGGCGTTCGATGGCCTCAGGAATGAGAATGCGCTGCAATTGCGTACTGgtaagtctta ... ctttctgtagGAGCCACTTTTGGGGTGATGGGTTTAGGAATCAGCAATGGTGCGAAGTGGT