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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtgtgatgtctcatatccgtatacttgtctgaatttggccaccaccttgcatatgcaggcctcttgtgtatcgctagatttttcctctaagggacgtgttgcctttgatttttttgtacagaatcttgcgtttctcgtttgaagtacctcttgctcatgtgctttttgcgacgttccatattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCACAAAGTTGATAGAAGCGACCTCCTTAACTTGGTCGGCTGCATCTACCTCA

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S77_67V6.2
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162219804|gb|FC396216.1|FC396216
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|208389722|gb|DC933624.1|DC933624
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|18331833|gb|BJ163845.1|BJ163845
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|100429290|gb|BY978036.1|BY978036
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|162208267|gb|FC384371.1|FC384371
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|100429105|gb|BY977942.1|BY977942
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|100379454|gb|BY986645.1|BY986645
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCATCAGTAATTCTACTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|67576818|gb|BJ949642.1|BJ949642
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGG                         T
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACA-Ggtgtgatgtc ... catattccag-
EST: gi|67576818|gb|BJ949642.1|BJ949642
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGG                         T
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACA-Ggtgtgatgtc ... catattccag-
EST: gi|208351671|gb|DC905778.1|DC905778
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|67572807|gb|BJ945631.1|BJ945631
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|67569405|gb|BJ942229.1|BJ942229
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|162170772|gb|FC347386.1|FC347386
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|100425505|gb|BY958629.1|BY958629
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|162210263|gb|FC386735.1|FC386735
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|162152926|gb|FC329228.1|FC329228
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|100386144|gb|BY970083.1|BY970083
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|18346422|gb|BJ178465.1|BJ178465
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|18327599|gb|BJ159602.1|BJ159602
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|67570902|gb|BJ943726.1|BJ943726
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|18329046|gb|BJ161052.1|BJ161052
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
EST: gi|18348189|gb|BJ180236.1|BJ180236
EST:     TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAG                         GTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC
genomic: TGCAGTCAATTTGTAGATTATCTAATTATTCAATCGTTGTAGGGTTACAGgtgtgatgtc ... catattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCAC


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ttctcgtttgaagtacctcttgctcatgtgctttttgcgacgttccatattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCACAAAGTTGATAGAAGCGACCTCCTTAACTTGGTCGGCTGCATCTACCTCA
                               ttttt  TA-rich tract
















Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
        10        20        30        40        50        60        70        80        90        100       110       120       130       140       150       160       170       180       190       200       210       220 
---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| 
gtgtgatgtctcatatccgtatacttgtctgaatttggccaccaccttgcatatgcaggcctcttgtgtatcgctagatttttcctctaagggacgtgttgcctttgatttttttgtacagaatcttgcgtttctcgtttgaagtacctcttgctcatgtgctttttgcgacgttccatattccagGTGCATCGGTATACGCGGAGCTTTGTCTTCAGTAATTCTATTGATGGCCACAAAGTTGATAGAAGCGACCTCCTTAACTTGGTCGGCTGCATCTACCTCA

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