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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...taaatgcagttggtttattttagttttggattagatggaagatttgattgggatatcttatcctaagactattgtcgtattttgtatcctgtgcttgcagACTCTGAAAAAGGTTCCGGGATGCGCTCAGCCACTTGCACTGCGTGCCTTACCTGTGTTGGCATCTATTTTAGCCAGG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S55_322V6.3
intron # 20
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162198092|gb|FC372119.1|FC372119
EST:     ACAATGTGTCTGATCCTTTCATCAGCTGTGATGCTTTTGACACTCTGGAG                         ACTCTGAAAAAGGTTCCGGGATGCGCTCAGCCACTTGCACTGCGTGCCTTA
genomic: ACAATGTGTCTGATCCTTTCATCAGCTGTGATGCTTTTGACACTCTGGAGgtgaggtttt ... gtgcttgcagACTCTGAAAAAGGTTCCGGGATGCGCTCAGCCACTTGCACTGCGTGCCTTA






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

gattgggatatcttatcctaagactattgtcgtattttgtatcctgtgcttgcagACTCTGAAAAAGGTTCCGGGATGCGCTCAGCCACTTGCACTGCGTGCCTTACCTGTGTTGGCATCTATTTTAGCCAGG
 atttgat  putative branch site (score: 5)
                                tattttgtat  TA-rich tract