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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...agaattcaagtgtgtccgattctgtaagcagacttatggttgacaaaatctgtgagatagggtagttttttattataagttgcctcctattgccttgcagGCATCTGATGAGACGTTGCACCTTGTGTTAGAGACATTGCAGGCTGCAATTAAAGCAG

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S55_322V6.3
intron # 18
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|162198092|gb|FC372119.1|FC372119
EST:     CGCCAAATTACTTCAGGAG                         GCATCTGATGAGACGTTGCACCTTGTGTTAGAGACATTGCAGGCTGCAATT
genomic: CGCCAAATTACTTCAGGAGgttggtttca ... tgccttgcagGCATCTGATGAGACGTTGCACCTTGTGTTAGAGACATTGCAGGCTGCAATT






















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aaatctgtgagatagggtagttttttattataagttgcctcctattgccttgcagGCATCTGATGAGACGTTGCACCTTGTGTTAGAGACATTGCAGGCTGCAATTAAAGCAG
                                     cctcctattgcctt  CT-rich tract
                 tagttttttattataa  TA-rich tract