1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
gtttgggctttgttgatatttgaacaatgtgagtctaagtttcaagcacgtaataatcacgcagtgtagtcgtttctattcaatggctcttcctgtgaaattcaagcattcagattagtgaactctaccgatgtatggtgtgttgaggtagaagttttggtcaaaatgttacagAGCATTTCTAAGCGCAAGAGGTATGGTGCTCACCCACGTTACATGCAAGGGGAAGAAGCTGAACAACAACAATTGATGGATTTGTGTCAAGTATCAGACA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S50_167V6.1 |
intron # | 3 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AGATCGGAGGAGCGGAGGCTTCTTCTTCGCCAGTGGGTGCTTCGGATAAG AGCATTTCTAAGCGCAAGAGGTATGGTGCTCACCCACGTTACATGCAAGGGEST: gi|67575968|gb|BJ948792.1|BJ948792
genomic: AGATCGGAGGAGCGGAGGCTTCTTCTTCGCCAGTGGGTGCTTCGGATAAGgtttgggctt ... aatgttacagAGCATTTCTAAGCGCAAGAGGTATGGTGCTCACCCACGTTACATGCAAGGG
EST: AGATCGGAGGAGCGGAGGCTTCTTCTTCGCCAGTGGGTGCTTCGGATAAG AGCATTTCTAAGCGCAAGAGGTATGGTGCTCACCCACGTTACATGCAAGGG
genomic: AGATCGGAGGAGCGGAGGCTTCTTCTTCGCCAGTGGGTGCTTCGGATAAGgtttgggctt ... aatgttacagAGCATTTCTAAGCGCAAGAGGTATGGTGCTCACCCACGTTACATGCAAGGG
gaactctaccgatgtatggtgtgttgaggtagaagttttggtcaaaatgttacagAGCATTTCTAAGCGCAAGAGGTATGGTGCTCACCCACGTTACATGCAAGGGGAAGAAGCTGAACAACAACAATTGATGGATTTGTGTCAAGTATCAGACA
aaaatgtta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtttgggctttgttgatatttgaacaatgtgagtctaagtttcaagcacgtaataatcacgcagtgtagtcgtttctattcaatggctcttcctgtgaaattcaagcattcagattagtgaactctaccgatgtatggtgtgttgaggtagaagttttggtcaaaatgttacagAGCATTTCTAAGCGCAAGAGGTATGGTGCTCACCCACGTTACATGCAAGGGGAAGAAGCTGAACAACAACAATTGATGGATTTGTGTCAAGTATCAGACA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GATGGA