Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...aagtgaatgtaaagttatttgtggagggagtgtaaagtgcctcaatatattacgttgaaggtgttgacaagatgtgggcgcctatgtgtgccaaaagcagAGATGCTTTTGGCTTAGTTGGAGACCCTCAGAGTTGCTTGAGCTCCGTAATGATCGTGATGTATGCTAGCCTTGCTATCATCGATTTCCTAATAGCGACT

Basic information

species Physcomitrella patens
transcript PP1S50_164V6.1
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|18345887|gb|BJ177930.1|BJ177930
EST:     TTGAGTGTTGGCGGTGGGGATTGATGGATGTCTCGACCTTCATGGCGCAG                         AGATGCTTTTGGCTTAGTTGGAGACCCTCAGAGTTGCTTGAGCTCCGTAAT
genomic: TTGAGTGTTGGCGGTGGGGATTGATGGATGTCTCGACCTTCATGGCGCAGgtatcttacg ... ccaaaagcagAGATGCTTTTGGCTTAGTTGGAGACCCTCAGAGTTGCTTGAGCTCCGTAAT
EST: gi|100380203|gb|BY968899.1|BY968899
EST:     TTGAGTGTTGGCGGTGGGGATTGATGGATGTCTCGACCTTCATGGCGCAG                         AGATGCTTTTGGCTTAGTTGGAGACCCTCAGAGTTGCTTGAGCTCCGTAAT
genomic: TTGAGTGTTGGCGGTGGGGATTGATGGATGTCTCGACCTTCATGGCGCAGgtatcttacg ... ccaaaagcagAGATGCTTTTGGCTTAGTTGGAGACCCTCAGAGTTGCTTGAGCTCCGTAAT


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

tatattacgttgaaggtgttgacaagatgtgggcgcctatgtgtgccaaaagcagAGATGCTTTTGGCTTAGTTGGAGACCCTCAGAGTTGCTTGAGCTCCGTAATGATCGTGATGTATGCTAGCCTTGCTATCATCGATTTCCTAATAGCGACT
                tgttgac  putative branch site (score: 3)