1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...gaatctatggcggtttgcatgttagatagatgtttttttttttttttttttttttttttttttattgatttcaggagttctacttgggtgttcattttagGGACTGGTTGGAAGAATGTGGCTTTGGCGAGCAGACACCGGGTTTGTGCTATATAATGGAGGATGAAGAAGGCGATGTCTTGGGAGCTGCAACGAGGCCT
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S397_28V6.2 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GACGATATTGATCCTGCAATGCGTTGGCTGTCGGAAATGTCTTTGCAGCC GGACTGGTTGGAAGAATGTGGCTTTGGCGAGCAGACACCGGGTTTGTGCTAEST: gi|18325655|gb|BJ157652.1|BJ157652
genomic: GACGATATTGATCCTGCAATGCGTTGGCTGTCGGAAATGTCTTTGCAGCCgtgagtttgc ... ttcattttagGGACTGGTTGGAAGAATGTGGCTTTGGCGAGCAGACACCGGGTTTGTGCTA
EST: GACGATATTGATCCTGCAATGCGTTGGCTGTCGGAAATGTCTTTGCAGCC GGACTGGTTGGAAGAATGTGGCTTTGGCGAGCAGACACCGGGTTTGTGCTA
genomic: GACGATATTGATCCTGCAATGCGTTGGCTGTCGGAAATGTCTTTGCAGCCgtgagtttgc ... ttcattttagGGACTGGTTGGAAGAATGTGGCTTTGGCGAGCAGACACCGGGTTTGTGCTA
ttttttttttttttttttattgatttcaggagttctacttgggtgttcattttagGGACTGGTTGGAAGAATGTGGCTTTGGCGAGCAGACACCGGGTTTGTGCTATATAATGGAGGATGAAGAAGGCGATGTCTTGGGAGCTGCAACGAGGCCT
tattgat putative branch site (score: 3)
ttcatttt putative PPT
tttttttttttttatt TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gaatctatggcggtttgcatgttagatagatgtttttttttttttttttttttttttttttttattgatttcaggagttctacttgggtgttcattttagGGACTGGTTGGAAGAATGTGGCTTTGGCGAGCAGACACCGGGTTTGTGCTATATAATGGAGGATGAAGAAGGCGATGTCTTGGGAGCTGCAACGAGGCCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGGAGG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGGATG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AAGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCT
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGC