1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' | 8 5' 3' | 9 5' 3' | 10 5' 3' |
AATCAAAACAGACCCAGATGATCGGCGCATCCTTCTGTCAGCTTGGAACCCAGCTGACTTGAAGCTCATGGCTCTCCCACCCTGCCACATGTTTGCTCAGgtcagcagtcgtccttgttgaaggctggtcatacaaacaccttcaacggtcagctgatttctagcttggattcctatcagattgttttcggacttaaatcgcacaatatggggtacacaaatgctgaatttcatcacctagcagggtttgacttgtaattacgtgcaactttatggacgcag
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S34_360V6.1 |
intron # | 7 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: CAGCTGACTTGAAGCTCATGGCTCTCCCACCCTGCCACATGTTTGCTCAG TTTTATGTGGCGAACGGGGAGCTCTCCTGTCAGATGTACCAGCGGTCCTGTEST: gi|162204721|gb|FC381429.1|FC381429
genomic: CAGCTGACTTGAAGCTCATGGCTCTCCCACCCTGCCACATGTTTGCTCAGgtcagcagtc ... atggacgcagTTTTATGTGGCGAACGGGGAGCTCTCCTGTCAGATGTACCAGCGGTCCTGT
EST: CAGCTGACTTGAAGCTCATGGCTCTCCCACCCTGCCACATGTTTGCTCAG TTTTATGTGGCGAACGGGGAGCTCTCCTGTCAGATGTACCAGCGGTCCTGTEST: gi|162256722|gb|FC433240.1|FC433240
genomic: CAGCTGACTTGAAGCTCATGGCTCTCCCACCCTGCCACATGTTTGCTCAGgtcagcagtc ... atggacgcagTTTTATGTGGCGAACGGGGAGCTCTCCTGTCAGATGTACCAGCGGTCCTGT
EST: CAGCTGACTTGAAGCTCATGGCTCTCCCACCCTGCCACATGTTTGCTCAG TTTTATGTGGCGAACGGGGAGCTCTCCTGTCAGATGTACCAGCGGTCCTGTEST: gi|162204720|gb|FC381428.1|FC381428
genomic: CAGCTGACTTGAAGCTCATGGCTCTCCCACCCTGCCACATGTTTGCTCAGgtcagcagtc ... atggacgcagTTTTATGTGGCGAACGGGGAGCTCTCCTGTCAGATGTACCAGCGGTCCTGT
EST: CAGCTGACTTGAAGCTCATGGCTCTCCCACCCTGCCACATGTTTGCTCAG TTTTATGTGGCGAACGGGGAGCTCTCCTGTCAGATGTACCAGCGGTCCTGT
genomic: CAGCTGACTTGAAGCTCATGGCTCTCCCACCCTGCCACATGTTTGCTCAGgtcagcagtc ... atggacgcagTTTTATGTGGCGAACGGGGAGCTCTCCTGTCAGATGTACCAGCGGTCCTGT
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| AATCAAAACAGACCCAGATGATCGGCGCATCCTTCTGTCAGCTTGGAACCCAGCTGACTTGAAGCTCATGGCTCTCCCACCCTGCCACATGTTTGCTCAGgtcagcagtcgtccttgttgaaggctggtcatacaaacaccttcaacggtcagctgatttctagcttggattcctatcagattgttttcggacttaaatcgcacaatatggggtacacaaatgctgaatttcatcacctagcagggtttgacttgtaattacgtgcaactttatggacgcag
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CAGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TTGAAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGAAGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGCTCA