1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' | 7 5' 3' |
...aattcgactacacacatcacttaatctgagggcttatgggaagcggtactttcgtgttcttgtttttaatccggattgaaatgtttgtgtttgtttgcagGGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGATGGTGCTTTACTTTTGATTGCCAGCAATGAGAGTTGCCCCCAGCCCCAAA
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S207_94V6.1 |
intron # | 4 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCT GGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGATEST: gi|18367900|gb|BJ199983.1|BJ199983
genomic: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCTgtaagttctt ... ttgtttgcagGGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGAT
EST: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCT GGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGATEST: gi|208390337|gb|DC929285.1|DC929285
genomic: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCTgtaagttctt ... ttgtttgcagGGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGAT
EST: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCT GGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGATEST: gi|100364249|gb|BY984518.1|BY984518
genomic: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCTgtaagttctt ... ttgtttgcagGGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGAT
EST: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCT GGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGATEST: gi|162195753|gb|FC371144.1|FC371144
genomic: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCTgtaagttctt ... ttgtttgcagGGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGAT
EST: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCT GGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGATEST: gi|208367353|gb|DC939869.1|DC939869
genomic: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCTgtaagttctt ... ttgtttgcagGGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGAT
EST: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCT GGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGATEST: gi|18328485|gb|BJ160490.1|BJ160490
genomic: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCTgtaagttctt ... ttgtttgcagGGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGAT
EST: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCT GGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGATEST: gi|100361446|gb|BY984092.1|BY984092
genomic: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCTgtaagttctt ... ttgtttgcagGGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGAT
EST: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCT GGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGATEST: gi|100421143|gb|BY976096.1|BY976096
genomic: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCTgtaagttctt ... ttgtttgcagGGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGAT
EST: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCT GGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGATEST: gi|18330481|gb|BJ162487.1|BJ162487
genomic: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCTgtaagttctt ... ttgtttgcagGGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGAT
EST: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCT GGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGATEST: gi|18346238|gb|BJ178281.1|BJ178281
genomic: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCTgtaagttctt ... ttgtttgcagGGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGAT
EST: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCT GGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATEST: gi|18326535|gb|BJ158534.1|BJ158534
genomic: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCTgtaagttctt ... ttgtttgcagGGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTAT
EST: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCT GGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGATEST: gi|67717529|gb|BJ967788.1|BJ967788
genomic: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCTgtaagttctt ... ttgtttgcagGGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGAT
EST: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCT GGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGATEST: gi|208391361|gb|DC941811.1|DC941811
genomic: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCTgtaagttctt ... ttgtttgcagGGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGAT
EST: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCT GGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGATEST: gi|162262330|gb|FC437657.1|FC437657
genomic: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCTgtaagttctt ... ttgtttgcagGGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGAT
EST: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCT GGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGATEST: gi|100448476|gb|CJ972775.1|CJ972775
genomic: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCTgtaagttctt ... ttgtttgcagGGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGAT
EST: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCT GGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATAA-GGANEST: gi|100365464|gb|BY966609.1|BY966609
genomic: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCTgtaagttctt ... ttgtttgcagGGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGAT
EST: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCT GGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGAT
genomic: AATCTGCCCGCATGAAGCTGTTGAGGCATGTCTCATTCGTCGATTGCCCTgtaagttctt ... ttgtttgcagGGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGAT
gtactttcgtgttcttgtttttaatccggattgaaatgtttgtgtttgtttgcagGGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGATGGTGCTTTACTTTTGATTGCCAGCAATGAGAGTTGCCCCCAGCCCCAAA
ttttaat putative branch site (score: 8)
tttgttt putative PPT
ttcttgtttttaat TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aattcgactacacacatcacttaatctgagggcttatgggaagcggtactttcgtgttcttgtttttaatccggattgaaatgtttgtgtttgtttgcagGGACACGATATTCTCATGGCTACTATGCTTAATGGAGCTGCTATTATGGATGGTGCTTTACTTTTGATTGCCAGCAATGAGAGTTGCCCCCAGCCCCAAA
- - - -ctacaca