1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' |
TTCGGGCTAGCGAAAGATGGACCTGAAGGAGACAAAACTCACGTTTCAACACGTGTTATGGGCACCTATGGCTATGCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTGgtgtgaactctcccccactctatcatgtctactctgaaaatgctatgacgtcttttccagatcacttttcttttttacgtatgatcataaattcaaatga...
species | Physcomitrella patens |
transcript | PP1S207_2V6.1 |
intron # | 5 |
splice site | 5' |
intron type | U2 |
EST: ACGTGTTATGGGCACCTATGGCTATGCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTG GGCATTTAACATCTAGAAGCGACGTGTACAGCTTTGGCGTGGTGTTGCTAGEST: gi|162259083|gb|FC436403.1|FC436403
genomic: ACGTGTTATGGGCACCTATGGCTATGCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTGgtgtgaactc ... ttctttgcagGGCATTTAACATCTAGAAGCGACGTGTACAGCTTTGGCGTGGTGTTGCTAG
EST: ACGTGTTATGGGCACCTATGGCTATGCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTG GGCATTTAACATCTAGAAGCGACGTGTACAGCTTTGGCGTGGTGTTGCTAGEST: gi|162259082|gb|FC436402.1|FC436402
genomic: ACGTGTTATGGGCACCTATGGCTATGCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTGgtgtgaactc ... ttctttgcagGGCATTTAACATCTAGAAGCGACGTGTACAGCTTTGGCGTGGTGTTGCTAG
EST: ACGTGTTATGGGCACCTATGGCTATGCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTG GGCATTTAACATCTAGAAGCGACGTGTACAGCTTTGGCGTGGTGTTGCTAGEST: gi|162154036|gb|FC330271.1|FC330271
genomic: ACGTGTTATGGGCACCTATGGCTATGCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTGgtgtgaactc ... ttctttgcagGGCATTTAACATCTAGAAGCGACGTGTACAGCTTTGGCGTGGTGTTGCTAG
EST: GCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTG GGCATTTAACATCTAGAAGCGACGTGTACAGCTTTGGCGTGGTGTTGCTAGEST: gi|162204620|gb|FC380860.1|FC380860
genomic: GCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTGgtgtgaactc ... ttctttgcagGGCATTTAACATCTAGAAGCGACGTGTACAGCTTTGGCGTGGTGTTGCTAG
EST: ACGTGTTATGGGCACCTAGGGCTATGCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTG GGCATTTAACATCTAGAAGCGACGTGTACAGCTTTGGCGTGGTGTTGCTAGEST: gi|208347466|gb|DC925378.1|DC925378
genomic: ACGTGTTATGGGCACCTATGGCTATGCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTGgtgtgaactc ... ttctttgcagGGCATTTAACATCTAGAAGCGACGTGTACAGCTTTGGCGTGGTGTTGCTAG
EST: ACGTGTTATGGGCACCTATGGNTANGCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTG GGCATTTAACATCTAGAAGCGACGTGTACAGCTTTGGCGTGGTGTTGCTAGEST: gi|208361646|gb|DC950334.1|DC950334
genomic: ACGTGTTATGGGCACCTATGGCTATGCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTGgtgtgaactc ... ttctttgcagGGCATTTAACATCTAGAAGCGACGTGTACAGCTTTGGCGTGGTGTTGCTAG
EST: ATGCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTG GGCATTTAACATTTAGAAGCGACGTGTACAGCTTTGGCGTGGTGTTGCTAGEST: gi|162204621|gb|FC380861.1|FC380861
genomic: ATGCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTGgtgtgaactc ... ttctttgcagGGCATTTAACATCTAGAAGCGACGTGTACAGCTTTGGCGTGGTGTTGCTAG
EST: ACGTGTTATGGGCACCTATGGCTATGCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTG GGCATTTAACATCTAGAAGCGACGTGTACAGCTTTGGCGTGGTGTTGCTAGEST: gi|162270726|gb|FC446339.1|FC446339
genomic: ACGTGTTATGGGCACCTATGGCTATGCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTGgtgtgaactc ... ttctttgcagGGCATTTAACATCTAGAAGCGACGTGTACAGCTTTGGCGTGGTGTTGCTAG
EST: ACGTGTTATGGGCACCTATGGCTATGCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTG GGCATTTAACATCTAGAAGCGACGTGTACAGCTTTGGCGTGGTGTTGCTAGEST: gi|37827569|gb|BJ585581.1|BJ585581
genomic: ACGTGTTATGGGCACCTATGGCTATGCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTGgtgtgaactc ... ttctttgcagGGCATTTAACATCTAGAAGCGACGTGTACAGCTTTGGCGTGGTGTTGCTAG
EST: CTATGCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTG GGCATTTAACATCTAGAAGCGACGTGTACAGCTTTGGCGTGGTGTTGCTAG
genomic: CTATGCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTGgtgtgaactc ... ttctttgcagGGCATTTAACATCTAGAAGCGACGTGTACAGCTTTGGCGTGGTGTTGCTAG
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| TTCGGGCTAGCGAAAGATGGACCTGAAGGAGACAAAACTCACGTTTCAACACGTGTTATGGGCACCTATGGCTATGCTGCCCCTGAGTATGTGATGACTGgtgtgaactctcccccactctatcatgtctactctgaaaatgctatgacgtcttttccagatcacttttcttttttacgtatgatcataaattcaaatga
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC