1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
gtaggttcagtaatccctctcttgtctgttttagtgattccattgtattatttccttctttttcagctctttgtttgcagtcatttaatgccccatgccatgcaaatctgtaacatgcacttgatttgtttacagAGAAGATATCAATGGAGGGCTCCATGTTCAACCTCCCAGGAAGGCTCGACCGGCTCCTGCGTCGTCATGGCAGCATGCTGCCCAAGGGGGCAGAGGAGGA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os11g45750.2 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: CGCTTGGAGAGCTCGCTCATGCTACTCTGATCATCTGATGCCTTCAGCTT AGAAGATATCAATGGAGGGCTCCATGTTCAACCTCCCAGGAAGGCTCGACCEST: gi|88426705|gb|CI579534.1|CI579534
genomic: CGCTTGGAGAGCTCGCTCATGCTACTCTGATCATCTGATGCCTTCAGCTTgtaggttcag ... ttgtttacagAGAAGATATCAATGGAGGGCTCCATGTTCAACCTCCCAGGAAGGCTCGACC
EST: CGCTTGGAGAGCTCGCTCATGCTACTCTGATCATCTGATGCCTTAAGCTT AAAAGATATCAATGGAGGGCTCCATGTTCAACCTCCCAGGAAGGCTCGACC
genomic: CGCTTGGAGAGCTCGCTCATGCTACTCTGATCATCTGATGCCTTCAGCTTgtaggttcag ... ttgtttacagAGAAGATATCAATGGAGGGCTCCATGTTCAACCTCCCAGGAAGGCTCGACC
tcatttaatgccccatgccatgcaaatctgtaacatgcacttgatttgtttacagAGAAGATATCAATGGAGGGCTCCATGTTCAACCTCCCAGGAAGGCTCGACCGGCTCCTGCGTCGTCATGGCAGCATGCTGCCCAAGGGGGCAGAGGAGGA
tttgttt CT-rich tract
atttgttta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gtaggttcagtaatccctctcttgtctgttttagtgattccattgtattatttccttctttttcagctctttgtttgcagtcatttaatgccccatgccatgcaaatctgtaacatgcacttgatttgtttacagAGAAGATATCAATGGAGGGCTCCATGTTCAACCTCCCAGGAAGGCTCGACCGGCTCCTGCGTCGTCATGGCAGCATGCTGCCCAAGGGGGCAGAGGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - ATGCTG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - TGCTGC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - AGAGGA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GAGGAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGGA