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Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

GGTGGCCTTCTGCGTGTTTGTCGCCAGACACCTCATTGATGACTTTCCCGGTGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTATgtaagcatacttgtacagtcactatttcttttcttcacatcttataataataagcagtggaattcttagccatcacatctcccttgaaatggtttcattt...

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os08g42370.1
intron # 2
splice site 5'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os08g42370.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM2G068657_T02 (Zea mays), 5'ss of exon 2
GGTGGCCTTCTGCGTGTTTGTCGCCAGACACCTCATTGATGACTTTCCCGGTGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTATgtaagcatacttgtacagtcactatttcttttcttcacatcttataataataagcagtggaattcttagccatcacatctcccttgaaatgg---tttcattt--
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GGTTGTCTTCTGTGTGTTCGTCGCAAGGCATCTCATAAATGATTTCCCCGATAGCTGGGGAATCTCAGTGATGGTAGTAGTGGTTGTCTTCACTGTTTATgtaagcatactactgca-ttgctaattcacataattactacttaccttaagaaattg----attgttagccattacttctcccctaaaaaacaattttcatgtgc

upper sequence: LOC_Os08g42370.3 (Oryza sativa), 5'ss of exon 2
lower sequence: GRMZM5G821611_T01 (Zea mays), 5'ss of exon 2
GGTGGCCTTCTGCGTGTTTGTCGCCAGACACCTCATTGATGACTTTCCCGGTGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTATgtaagcatacttgtacagtcactatttcttttcttcacatcttataataataagcagtggaattcttagccatcacatctcccttgaa--atggtttcattt-----
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GGTTGTCTTCTGTCTGTTTGTTGCAAGGCATCTCATAAATGATTTCCCCGATAGCTGGGGAATCTCAGTGATGGTAGTAGTGGTTGTCTTCACTATTTATgtaagcactactgca---tttctaattcacataattacaacttaccatga---gcaattga-ttgttggccattacttctccctgaaagaacacttgtgcttcctta
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88370316|gb|CI587706.1|CI587706
EST:     GTGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTAT                         GATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTG
genomic: GTGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTATgtaagcatac ... cattttatagGATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTG
EST: gi|88327636|gb|CI646829.1|CI646829
EST:     ATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTAT                         GATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCT
genomic: ATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTATgtaagcatac ... cattttatagGATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCT
EST: gi|58664719|gb|CK053405.1|CK053405
EST:     GTGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTAGTGGTTGTCTTCACCGTTTAT                         GATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCT
genomic: GTGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTATgtaagcatac ... cattttatagGATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCT
EST: gi|29666673|gb|CB662948.1|CB662948
EST:     GTGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTAT                         GATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCT
genomic: GTGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTATgtaagcatac ... cattttatagGATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCT
EST: gi|88301943|gb|CI667789.1|CI667789
EST:     ATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTAT                         GATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCT
genomic: ATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTATgtaagcatac ... cattttatagGATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCT
EST: gi|56148076|gb|AU174147.2|AU174147
EST:     GTGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTAT                         GATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCT
genomic: GTGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTATgtaagcatac ... cattttatagGATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCT
EST: gi|33795311|gb|CF323527.1|CF323527
EST:     TGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGGTTGTCTTCACCGTTTAT                         GATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCT
genomic: TGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGT-GGTTGTCTTCACCGTTTATgtaagcatac ... cattttatagGATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCT
EST: gi|29672455|gb|CB668730.1|CB668730
EST:     GTGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTAT                         GATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCT
genomic: GTGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTATgtaagcatac ... cattttatagGATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCT

Putative cis-regulatory sequences

 atgc intron ATGC exonic elements by Pertea et al.
 ATGC exon atgc putative intronic elements
 ATGC putative exonic elements identified for retained introns
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GGTGGCCTTCTGCGTGTTTGTCGCCAGACACCTCATTGATGACTTTCCCGGTGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTATgtaagcatacttgtacagtcactatttcttttcttcacatcttataataataagcagtggaattcttagccatcacatctcccttgaaatggtttcattt

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