1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' |
...gcactgaccatggttgcttgtcataattttttctgcatgtatttctaaggtttatacattttcaaaatatacaaataactaatttgttttcattttatagGATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCTCGTAACACTCATCCTCCTGAGCCTGAAGGCTTTGATGGGAGCAATGATT
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os08g42370.1 |
intron # | 2 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GTGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTAT GATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGEST: gi|88327636|gb|CI646829.1|CI646829
genomic: GTGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTATgtaagcatac ... cattttatagGATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTG
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genomic: ATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTATgtaagcatac ... cattttatagGATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCT
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EST: GTGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTAT GATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCTEST: gi|33795311|gb|CF323527.1|CF323527
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genomic: TGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGT-GGTTGTCTTCACCGTTTATgtaagcatac ... cattttatagGATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCT
EST: GTGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTAT GATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCT
genomic: GTGATTGGGGTATCTCGGTGATGGTTGTGGTGGTTGTCTTCACCGTTTATgtaagcatac ... cattttatagGATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCT
taaggtttatacattttcaaaatatacaaataactaatttgttttcattttatagGATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCTCGTAACACTCATCCTCCTGAGCCTGAAGGCTTTGATGGGAGCAATGATT
aactaat putative branch site (score: 2)
tttgttttcatttt CT-rich tract
tttatacattttcaaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| gcactgaccatggttgcttgtcataattttttctgcatgtatttctaaggtttatacattttcaaaatatacaaataactaatttgttttcattttatagGATTTGACGCTGCTTCTCCTTACTTCTGGTAGAGATCCTGGTATTATACCTCGTAACACTCATCCTCCTGAGCCTGAAGGCTTTGATGGGAGCAATGATT
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