Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   		5  
 5'  3'   		6  
 5'  3'   		7  
 5'  3'   		8  
 5'  3'   		9  
 5'  3'   		10  
 5'  3'   		11  
 5'  3'   		12  
 5'  3'   		13  
 5'  3'   		14  
 5'  3'   		15  
 5'  3'   		16  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

gtaagctttctatagttcaagaaaatttcaagcttcagttttcataaagtataactgctattctttatttcaacattattgcagGCTACTATAGTTATCTTTATGCTAGATGTTTTGCCACAACTATATGGCAAGAAGTATGCCAAGGTGATCCATTATCCCGCAGCACGGGTAGTGCACTTAG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g47210.1
intron # 16
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g47210.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 16
lower sequence: GRMZM2G450659_T02 (Zea mays), 3'ss of exon 9
gtaagctttcta-tagttcaagaaaatttcaa--gcttcagttttcataaagtataactgctattctttatttcaacattattgcagGCTACTATAGTTATCTTTATGCTAGATGTTTTGCCACAACTATATGGCAAGAAGTATGCCAAGGTGATCCATTATCCCGCAGCACGGGTAGTGCACTTAG
|||||  ||| |   || |   |     | |   || ||| | |||       |||      |||  |||| | | ||||||||||||||||||||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || || || ||||||||  | || |||||  | ||
gtaagtgttcgagctgtgctctagtccctgagttgcctcattcttcccttctcatagactacattaattatatta-cattattgcagGCTACTATACCTATCTATATGCTAGATGTTTTGCCACAACTATATGGCAAGAAGTATGCCAAGAAGACCCGTTGTCCCGCAGTGCAGGCAGTGCCATCAG


















 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

aagcttcagttttcataaagtataactgctattctttatttcaacattattgcagGCTACTATAGTTATCTTTATGCTAGATGTTTTGCCACAACTATATGGCAAGAAGTATGCCAAGGTGATCCATTATCCCGCAGCACGGGTAGTGCACTTAG
                   gtataac  putative branch site (score: 3)
                             tattctttatttcaac  TA-rich tract