Skip to another splice site:
1  
 5'  3'   		2  
 5'  3'   		3  
 5'  3'   		4  
 5'  3'   

Data associated with selected splice site

Sequence

 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

...gatatgaagtgattagcttagttgaagtatcggatgaagcaatttctgccatacaacacttgtatgattgacaagatctccctttcattacttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTTCCCTTCTCGACACTTCCTTCGAGTGGCGTTGCACAGAGGCCAGTTTCTG

Basic information

species Oryza sativa
transcript LOC_Os06g45820.3
intron # 1
splice site 3'
intron type U2

Orthologous splice sites


 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence


upper sequence: LOC_Os06g45820.1 (Oryza sativa), 3'ss of exon 1
lower sequence: GRMZM2G110408_T01 (Zea mays), 3'ss of exon 1
gatatgaagtgattagcttagttgaagtatcggatgaagcaatttctgccatacaacacttgtatg--------attgacaagatctccctttcattacttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTTCCCTTCTCGACACTTCCTTCGAGTGGCGTTGCACAGAGGCCAGTTTCTG
   ||||  |    | | |||   |||   | |    |    ||||| |  | ||||| ||||           |||||| ||||||| || ||  |||||||  |||| ||| |||||||| ||| |||||||| | ||||| ||||||  |  ||||||||||||| |||||  ||| ||||| ||| |||| |||||||| || |
--gatgatatag--aacatagaccaagctcctgggtgatttttttcttctttgcaacaattgttcatttcactcattgacgagatctctctctc--tactttt--cagTAAGCAAAGATGGCACCACCATCCATGTGTCTTGCGGCAAAGGGGGTGCTTCCCTTCTCGGCACTTATTTCAAGTGGTGTTACACAAAGGCCAGTGTCAG
















Mapped EST sequences

Showing partial alignments of ESTs and genomic sequences. See full alignments


 ATGC     EST sequence
 ATGC     genomic sequence (exon)
 ATGC     genomic sequence (truncated intron)


EST: gi|88407453|gb|CI586294.1|CI586294
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|29688338|gb|CB684613.1|CB684613
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|29636880|gb|CB641889.1|CB641889
EST:     GCCCANNNNNNNNNNNNTCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: GCCCA-CCCCCCCCCCCTCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88436517|gb|CI691238.1|CI691238
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCANTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88590228|gb|CI709063.1|CI709063
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCANTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGAAGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|29629664|gb|CB634673.1|CB634673
EST:     CCCANNNNNNNNNNNNNTCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: CCCA--CCCCCCCCCCCTCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88454398|gb|CI569970.1|CI569970
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGGTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGGGTGCAAAGACGCCGCT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTT-GCTGCAAAGACGCCGCT
EST: gi|88298775|gb|CI565972.1|CI565972
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGTTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88585160|gb|CI702770.1|CI702770
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88586368|gb|CI704065.1|CI704065
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88591824|gb|CI709879.1|CI709879
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|58606947|gb|CK034980.1|CK034980
EST:     GCTCCGATCCA-TCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: GCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|117233828|gb|CT847767.1|CT847767
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88425698|gb|CI689349.1|CI689349
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|29625515|gb|CB630526.1|CB630526
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|29641423|gb|CB646430.1|CB646430
EST:     GGCCCANNNNNNNNNNNTCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: GGCCCACCCCCCCCCCCTCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|29617926|gb|CB622938.1|CB622938
EST:     GCCCANNNNNNNNNNNNTCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: GCCCA-CCCCCCCCCCCTCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|29622524|gb|CB627535.1|CB627535
EST:     CCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: CCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|25798258|gb|CA754219.1|CA754219
EST:     CTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCNACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: CTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88399688|gb|CI583422.1|CI583422
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCATTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88726840|gb|CI750495.1|CI750495
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGNAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88369548|gb|CI582743.1|CI582743
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGAAGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|29628597|gb|CB633608.1|CB633608
EST:     CTCCGATCCACTCAC                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: CTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|95101170|gb|CI692905.1|CI692905
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGAAGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88587775|gb|CI705548.1|CI705548
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGNTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88580477|gb|CI697409.1|CI697409
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAANATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88734228|gb|CI757736.1|CI757736
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88958933|gb|CI685743.1|CI685743
EST:     TCTCCCCTCCANGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGGTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGGTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
EST: gi|88345168|gb|CI628422.1|CI628422
EST:     TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAG                         TGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT
genomic: TCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTT

RNA-Seq data


 ATGC   Supported by RNA-Seq exonic block that spans over the splice site

 atgs   Truncated intron sequence

Each block is as long as the maximal overhang of any read spanning the junction.
The score is the number of alignments spanning the junction.


Found data for 1 RNA-Seqlibrary.


Block sizes: 74 (upstream exon), 75 (downstream exon)
Score: 91

TGTCGGGCTATTTATACACTCCACTCCCTCCTCCCTCCCCTTCCTAGTTCGGCCCACCCCCCCCCCCTCTCCCCTCCACGCCCCGCTCCGATCCACTCAGgtgcgtgctc ... cttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTTCCCTTCTCGACACTTCCTTCGAGTGGCGTTGCACAGAGGCCAGTTTCTG




<











<


<











 atgc   intronic sequence     ATGC   exonic sequence

Intronic sequence truncated to 55 bases.

ctgccatacaacacttgtatgattgacaagatctccctttcattacttttaacagTGAGCGAAGATGGCTCCAACATCCATGAGCCTTGCTGCAAAGACGCCGCTTCCCTTCTCGACACTTCCTTCGAGTGGCGTTGCACAGAGGCCAGTTTCTG
                    gattgac  putative branch site (score: 91)
                               tctccctttcattact  putative PPT
                                     tttcattacttttaa  TA-rich tract