1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' |
...cttaatgaaataaagtgtatggttcttgtgtttcaaaagaattaagatgtaaaattagccagcttaattgctaatttgtgtctgtaactaatcttattagGGAGAGGTCTTGAGCCTAAAGCAGCAGATCACCAACTTTGAGGCAGTGACACTCCCTGACCTGCGGGCCCACCTGCAGGGAGCAACCACAGCCACCACCA
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os06g36520.1 |
intron # | 1 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
gatgtaaaattagccagcttaattgctaatttgtgtctgtaactaatcttattagGGAGAGGTCTTGAGCCTAAAGCAGCAGATCACCAACTTTGAGGCAGTGACACTCCCTGACCTGCGGGCCCACCTGCAGGGAGCAACCACAGCCACCACCA
aactaat putative branch site (score: 1)
tcttatt CT-rich tract
taactaatcttatta TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| cttaatgaaataaagtgtatggttcttgtgtttcaaaagaattaagatgtaaaattagccagcttaattgctaatttgtgtctgtaactaatcttattagGGAGAGGTCTTGAGCCTAAAGCAGCAGATCACCAACTTTGAGGCAGTGACACTCCCTGACCTGCGGGCCCACCTGCAGGGAGCAACCACAGCCACCACCA
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - CTGCAG
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GGAGCA
- - - -aaataaa
- - - - - - - gtgtatg
- - - - - - - - - - -gttcttg
- - - - - - - - - - - - - - tgtttca
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gccagct
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tgctaat
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -gtgtctg