1 5' 3' | 2 5' 3' | 3 5' 3' | 4 5' 3' | 5 5' 3' | 6 5' 3' |
...aaaaatgctttcctattattgagatattttacatctactggtaaaagtatgccacttctgttgaaaatgctcactttgtgcgtatctttatttgtaacagATGTGGAATGTGCAGTGGTAAAGGAATGTTGCCTTGTATAGCATGTGGATCGCGTGGCCTAGTAACATGCAAGACATGTAGTGGCTATGGTTCCCTTCTC
species | Oryza sativa |
transcript | LOC_Os05g25210.1 |
intron # | 5 |
splice site | 3' |
intron type | U2 |
EST: GCATGTCATGGGAGGGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGT ATGTGGAATGTGCAGTGGTAAAGGAATGTTGCCTTGTATAGCATGTGGATCEST: gi|32947947|gb|BP184519.1|BP184519
genomic: GCATGTCATGGGAGGGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagtcctg ... tttgtaacagATGTGGAATGTGCAGTGGTAAAGGAATGTTGCCTTGTATAGCATGTGGATC
EST: GCATGTCATGGGAGGGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGT ATGTGGAATGTGCAGTGGTAAAGGAATGTTGCCTTGTATAGCATGTGGATCEST: gi|218485104|gb|FG966954.1|FG966954
genomic: GCATGTCATGGGAGGGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagtcctg ... tttgtaacagATGTGGAATGTGCAGTGGTAAAGGAATGTTGCCTTGTATAGCATGTGGATC
EST: GCATGTCATGGGAGGGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGT ATGTGGAATGTGCAGTGGTAAAGGAATGTTGCCTTGTAT
genomic: GCATGTCATGGGAGGGGTTTACTTGCTCACCAAGATGGATCTGATACAGTgttagtcctg ... tttgtaacagATGTGGAATGTGCAGTGGTAAAGGAATGTTGCCTTGTAT
agtatgccacttctgttgaaaatgctcactttgtgcgtatctttatttgtaacagATGTGGAATGTGCAGTGGTAAAGGAATGTTGCCTTGTATAGCATGTGGATCGCGTGGCCTAGTAACATGCAAGACATGTAGTGGCTATGGTTCCCTTCTC
tgctcac putative branch site (score: 17)
tctttattt putative PPT
tatctttatttgtaa TA-rich tract
atgc | intron | ATGC | exonic elements by Pertea et al. |
ATGC | exon | atgc | putative intronic elements |
ATGC | putative exonic elements identified for retained introns |
10 20 30 40 50 60 70 80 90 100 110 120 130 140 150 160 170 180 190 200 210 220 ---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------|---------| aaaaatgctttcctattattgagatattttacatctactggtaaaagtatgccacttctgttgaaaatgctcactttgtgcgtatctttatttgtaacagATGTGGAATGTGCAGTGGTAAAGGAATGTTGCCTTGTATAGCATGTGGATCGCGTGGCCTAGTAACATGCAAGACATGTAGTGGCTATGGTTCCCTTCTC
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GCAAGA
- - -tgctttc
- - - - - - - - - - - - - - - - - ctactgg
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -tgctcac
- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - tttgtgc